常见结合转录组数据的xGWAS方法如下: 1.TWAS:Tranome-Wide Association Study,全转录组关联研究,把转录表达作为遗传变异和表型之间的中介,建立受遗传调控的基因转录表达与性状之间的关系,目前主要应用于人类疾病研究。先通过数据库中的基因型和表达量数据训练模型,以达到从基因附近的遗传变异的等位基因频率预测基因表达水...
GWAS是对多个个体在全基因组范围的遗传变异(标记)多态性进行检测,获得基因型,进而将基因型与可观测的性状(即表型),进行群体水平的统计学分析,根据统计量或显著性 p 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异(标记),挖掘与性状变异相关的基因。 如何将转录组和GWAS联合分析?接下来以一篇4分+纯生信文章为例来看学习一...
转录组测序发现SOSTDC1在ALC羊毛羔羊皮肤中的表达量是MF的数十倍,并且是所有差异表达基因中最高的。与粗毛/细毛品种的转录组类比显示,ALC/MF在产后羔羊阶段的差异表达基因和富集途径与前者在胚胎阶段的高度相似。进一步实验验证了SOSTDC1基因在初生羊毛毛囊的真皮乳头核中特异性高表达。 结论:在本研究中,我们对差异...
单细胞转录组(scRNA-seq)是通过揭示每个细胞的基因表达水平,了解细胞的异质性及其在生物过程和疾病中的作用。全基因组关联分析(GWAS)则是一种在全基因组范围内搜索遗传变异(通常是单核苷酸多态性,SNP)与复杂性状之间关联的方法,其核心思想是通过比较群体中不同个体的基因型与表型,识别出与目标性状显著相关的基因位点。
研究思路：首先获取欧洲大型的公共数据集中的关于自身免疫疾病的GWAS数据，通过双样本孟德尔随机化（TSMR）进行研究空气污染物与几种自身免疫性疾病之间的关系，并使用多变量孟德尔随机化评估多种空气污染物在不同介导因素下对自身免疫疾病的影响，使用FUSION将GWAS转换为TWAS，进行转录组范围的关联研究，确定与空气污染物...
全转录组关联分析(transcriptome-wideassociationstudies,TWAS)是研究与变异性状关联的潜在基因调控机制的宝贵工具。目前已经开发了各种方法或软件(如PrediXcan,S-prediXcan,Fusion,UTMOST)来执行TWAS综合分析。每一种分析方法或者软件都有不同的建模假设,以解决不同的生物学问题。TWAS已经成功应用于多种疾病,如精神分裂症,...
今天分享一个新的方法,对非模式植物研究中获得的基因(例如:GWAS、转录组差异基因等)进行转录因子富集分析气泡图和柱状图可视化。 教程如下: 利用plantTFDB对转录因子进行预测 1、准备差异基因序列 提取差异基因序列 faSomeRecords ../Trinity.gene.fasta DEG_ID_FC1.5FDR0.05.txt leaf_vs_fruit_FC1.5FDR0.05.fasta ...
研究展示GWAS +多组学方法的有效性，为理解复杂疾病机制提供范例，对未来 T2D 的诊断、治疗和预防具有重要意义。研究思路01样本选取选择早期2型糖尿病患者和非糖尿病者的器官样本，分组进行研究。02多模态分析● 胰岛功能体外体内实验评估胰岛素分泌。分析胰岛、β 细胞和 α 细胞转录组。● 胰岛微环境研究内分泌...
通过后续的转录组分析以及 RT-PCR、qPCR 和 western blot 实验验证发现该基因在瘦尾羊中的表达显著高于肥尾羊。通过探索脂肪生成通路，发现 PDGFD 基因表达的蛋白通过形成二聚体来激活 PDGFRβ 通路，而该通路在脂肪扩增的过程中起着抑制作用，也进一步证实了 PDGFD 基因在尾脂形成中起着负调控...
本研究的GWAS测序分析、转录组测序分析均由上海派森诺生物科技股份有限公司完成。 PART·1、研究背景 光合作用是影响水稻生物量积累和收获指数的最关键过程,也是决定水稻产量的关键因素。光合能量的合理分配可以提高作物光能利用效率,目前已经鉴定出了一些与叶绿素含量、荧光参数和光合作用相关的功能基因,但是遂于这些性状的...