在GWAS研究中,还有一种常用的图形就是Q-Q plot,虽然它的颜值可能不如曼哈顿图, 但是它表达的信息比曼哈顿图要丰富得多😽, 相当于GWAS研究的质控图。 1.2 Q-Q plot的原理是什么? Q-Q plot全称是quantile-quantile plot,也就是分位图,基本原理是通过比较两个概率分布的分位数,从而实现对两个概率分布进行比较。
这就是我们要用上QQ-plot的地方了。在GWAS分析里面,QQ-plot的纵轴是SNP位点的p-value值(这是实际得到的结果,observed),与曼哈顿图一样也是表示为 -log10(p-value);横轴是则是均匀分布的概率值(这是Expecte的结果),同样也是换算为-log10。横轴的这个概率值是如何计算的呢?实际上,它就是均匀分布的分位数——...
QQ plot 在GWAS中的意思 Q-Q plot 即Quantile-Quantile Plot。它在各类研究中经常用到,主要是直观的表示观测值与预测值之间的差异。 在SPSS中很容做,Analysis - Descriptive statistics - Q-Qplot。 Q-Q plot主要是用来估计数量性状观测值与预测值之间的差异。一般我们所取得的数量性状数据都为正态分布数据。在G...
QQ plot全称是quantile-quantile plot,也就是分位图,是一种通过比较两个概率分布的分位数从而实现对两个概率分布进行比较的概率图方法(在统计学上较常用)。之所以可以这样做的原因是,如果两个概率分布相同,那么它们的分位数也应该相同或者重叠在同一条直线上。 在GWAS分析中,当我们通过曼哈顿图看到某些SNP和表型性状...
Q-Q plot 即Quantile-Quantile Plot。它在各类研究中经常用到，主要是直观的表示观测值与预测值之间的差异。其中纵坐标为实际观测值P，以-log10(P)表示，横坐标为期望值，也用-log10(exp)表示。实际为均匀分布的分位数，譬如，我们共鉴定到100个SNPs，则第一个期望值为-log((1/100)+1)，第二...
QQ plot 全称是 quantile-quantile plot (分位数-分位数图),是在统计学中,通过比较两个概率分布的分位数对这两个概率分布进行比较的概率图方法。分位数是指将一个随机变量的概率分布范围分为几个等份的数值点,常用的有中位数(即二分位数)、四分位数、百分位数等。
#为gwas分析的结果绘制QQ plot,仅仅使用 qq() 这个命令足够了 qq(gwasResults$P) fig.6 # 我们还可以QQ plot添加其他参数 qq(gwasResults$P, main = "Q-Q plot of GWAS p-values", xlim = c(0, 6), ylim = c(0,9), pch = 18, col = "blue4", cex = 1.5, las = 1) ...
画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”,简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 1 2 3 install.packages("qqman") library(qqman) 1、准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults(如果没有zscore可以不用管),如下所示: 2、上代码,如下所示: ...
画曼哈顿图和QQ plot 首推R包“qqman”,简约方便。下面具体介绍以下。 一、画曼哈顿图 1 2 3 install.packages("qqman") library(qqman) 1、准备包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults(如果没有zscore可以不用管),如下所示: 2、上代码,如下所示: ...