3.3GWAS分析(简单广义线性模型分析、广义线性模型分析、混合线性模型分析、K+Q线性模型分析) 参考文献 [1] Lin H, Wang F, Rosato AJ, Farrer LA, Henderson DC, Zhang H. Prefrontal cortex eQTLs/mQTLs enriched in genetic variants associated with alcohol use disorder and other diseases [published online...
AI代码解释 pig60K$trait1[sample(1:nrow(pig60K),round(nrow(pig60K)*0.80))]<-NApig60K$trait2[sample(1:nrow(pig60K),round(nrow(pig60K)*0.25))]<-NACMplot(pig60K,plot.type="q",col=c("dodgerblue1","olivedrab3","darkgoldenrod1"),threshold=1e-6,ylab.pos=2,signal.pch=c(19,6...
2. 一般线性模型(GLM)介绍 GLM模型中,将每个SNP作为固定因子进行回归分析,进行显著性检验,P值就是GWAS分析的p-value,effect就是SNP的effect值。如果有其它因素需要考虑,就放到协变量里面,比如性别,PCA,Q矩阵等。 重点是对每个SNP做回归分析,提取effect和p-value。 3. 合并数据 TASSEL分析中,需要将分析的表型和基...
#3运行admixture软件,根据过滤后的基因型文件计算K1-10的CV值判断最佳分群,然后用不过滤的基因型文件计算最佳分群的Q矩阵 for K in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10; do ../software/admixture_linux-1.3.0/admixture --cv prunData.ped $K >> log.txt; done #4提取CV值 grep -h CV log.txt #5用完整...
图例说明:图 1. 曼哈顿图和定量-定量(Q-Q)图展示了HCC全基因组关联研究结果。(A) 所有人群;(B) 非HCV诱导的HCC;(C) HCV诱导的HCC。X轴表示整个基因组中SNP的位置,按染色体划分,y轴是负对数p值,-log10 (p)。红色水平线表示p = 5 × 10−8。对于Q-Q图,x轴表示预期的-log10 (p),y轴是每个SNP...
图1 跨性状多基因Q-Q图 IBS和精神类疾病基因重叠 然后,作者使用统计工具MiXeR来量化IBS和精神类疾病之间的的多基因重叠。先是进行了单变量MiXeR分析,以估计影响性状变异数。结果显示,IBS是一种高度多基因相关表型,具有大约12.1 k ± 1.1 k的影响性状变异。此外,精神表型GAD、MD、BIP和SCZ的影响性状变异数量也较多...
利用 EMMAX 程序包[30]中的混 合线性模型(mixed linear model,MLM),以群体结 构(Q)和亲缘关系(K)为协变量加入混合线性模型 中,对 Q 和 K 的效应进行评估,控制其对目的基因定 位的影响.对 1 449 720 个 SNP 标记结合氮高效利用 表型数据进行 GWAS 分析,获得甘薯氮高效候选基 因.GWAS 分析结果以曼哈顿...
GWAS入门要点 GWAS⼊门要点 背景：1996 年，Risch 最早提出了 GWAS 的设想。他认为未来⼈类复杂疾病的研究不再需 要候选基因的预测，能够在全基因组⽔平检测每⼀个基因的变异，进⾏更⼤规模的基因检测。2001 年，Hansen 等最早应⽤GWAS 在植物中对 Sea beet（海甜菜）的⽣长习性进⾏了分析发现，...
--vcf 输入文件名 --allow-extra-chr 允许其他格式染色体，如scaffold --recode12 二进制编码 --out 输出文件名 --autosome-num 设置染色体数目，默认人类染色体数 每个K值都会生成两个文件，.P和.Q P：储存推断的祖先种群的等位基因频率 Q：每个样本中各个祖先种群所占的百分比。查看cv值，K=3时，...
【目的】挖掘与黄瓜幼苗下胚轴长度显著相关的SNP位点及候选基因,为揭示下胚轴长度的遗传基础和分子机制提供理论依据,为短下胚轴分子标记辅助选择育种奠定基础。【方法】以95份黄瓜核心种质为试验材料,分别于2016年春季、2017年春季、2017年秋季和2018年春季在中国农业科学院南口试验基地塑料大棚进行种植,在两叶一心期调查...