可以看到,325518个位点被删掉了,剩余1073788 个位点。 「结果文件:」 代码语言:javascript 复制 HapMap_3_r3_8.bed HapMap_3_r3_8.bim HapMap_3_r3_8.fam HapMap_3_r3_8.log 后面我们用这个文件,进行后续的质控。 相关系列: 笔记GWAS操作流程1:下载数据 笔记GWAS操作流程2-1:缺失质控 笔记GWAS操作流程...
常染色体上共有1399306位点。 2. 提取常染色体上的位点 这里,用到了位点提取参数--extract plink --bfile HapMap_3_r3_6 --extract snp_1_22.txt --make-bed --out HapMap_3_r3_7 1. 查看日志: PLINK v1.90b6.5 64-bit (13 Sep 2018) www.cog-genomics.org/plink/1.9/ (C) 2005-2018 Shaun ...
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2. 常染色体上共有1399306位点。 2. 提取常染色体上的位点 这里,用到了位点提取参数--extract plink --bfile HapMap_3_r3_6 --extract snp_1_22.txt --make-bed --out HapMap_3_r3_7 1. 查看日志: PLINK v1.90b6.5 64-bit (13 Sep 2018) www.cog-genomics.org/plink/1.9/ ...
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