85females)loaded from.fam.112phenotype values loaded from.fam.Using1thread(no multithreaded calculations invoked).Before main variant filters,112founders and53nonfounders
比如一个位点有AA或者AT或者TT,那么就可以计算A的基因频率和T的基因频率,qA + qT = 1,这里谁比较小,谁就是最小等位基因频率,比如qA = 0.3, qT = 0.7, 那么这个位点的MAF为0.3. 之所以用这个过滤标准,是因为MAF如果非常小,比如低于0.02,那么意味着大部分位点都是相同的基因型,这些位点贡献的信息非常少,增加...
Using 1 thread (no multithreaded calculations invoked). --covar: 1 covariate loaded. Before main variant filters, 1500 founders and 0 nonfounders present. Calculating allele frequencies... done. 10000 variants and 1500 people pass filters and QC. Phenotype data is quantitative. Writing linear model...
2.3 使用R中的glm函数做Logistic回归分析 1,首先载入软件包data.table 2,然后读取0-1-2编码的c.raw文件 3,然后读取表型数据文件phe.txt 4,然后将表型数据和基因型数据合并 library(data.table) geno[1:10,1:10] phe = fread("pheno.txt") d...
1. 计算杂合度 plink --bfile HapMap_3_r3_9 --het --out R_check 结果文件: .het (method-of-moments F coefficient estimates) Produced by --het. A text file with a header line, and one line per sample with the following six fields: ...
1. 计算pihat > 0.2的组合 plink --bfile HapMap_3_r3_10 --genome --min 0.2 --out pihat_min0.2 说明文档: --genome invokes an IBS/IBD computation, and then writes a report with the following fields to plink.genome: FID1Family ID for first sample ...
「卡方适合性检验!」,一个群体是否符合这种状况,即达到了遗传平衡,也就是一对等位基因的3种基因型的比例分布符合公式:p2+2pq+q2=1,p+q=1,(p+q)2=1.基因型MM的频率为p2,NN的频率为q2,MN的频率为2pq。MN:MN:NN=P2:2pq:q2。MN这对基因在群体中达此状态,就是达到了遗传平衡。如果没有达到这个状态,...
1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--geno 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--mind 0.02 4. 1 对SNP缺失率进行筛选--geno 「先过滤SNP缺失率高于2%的SNP」 plink --bfile HapMap_3_r3_1 --geno 0.02 --make-bed --out HapMap_3_...
1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--mind 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--geno 0.02 4. 1 对个体缺失率进行筛选 「先过滤个体缺失率高于2%的SNP」 plink --bfile HapMap_3_r3_1 --geno 0.02 --make-bed --out HapMap_3_r3_2...
1. 结果生成:test.maptest.ped 2. 查看基因型个体和SNP数量 wc -l test.map test.ped 1. 可以看出,共有165个基因型个体,共有1447897个SNP数据。 预览一下ped文件: 预览一下map文件: 3. 查看一下个体缺失的位点数,每个SNP缺失的个体数 看一下描述: ...