GTDB-Tk是一个软件工具包,用于根据基因组数据库分类法GTDB为细菌和古细菌基因组分配客观的分类法。它旨在与最近的进展一起使用,从而可以直接对环境样本中获得数百或数千个由基因组组装的基因组(MAG)进行物种分类注释。它也可以用于分离和单细胞的基因组物种注释。 本次测试版本为 GTDB-Tk v1.3.0,于2020年7月17...
参考树插值法建树pplacer:Frederick A. Matsen, Robin B. Kodner & E. Virginia Armbrust. (2010). pplacer: linear time maximum-likelihood and Bayesian phylogenetic placement of sequences onto a fixed reference tree. BMC Bioinformatics 11, 538, doi: https:///10.1186/1471-2105-11-538 快速建树软件F...
gtdbtk check_install [2023-08-3116:01:13]INFO:GTDB-Tkv2.3.2[2023-08-3116:01:13]INFO:gtdbtk check_install[2023-08-3116:01:13]INFO:UsingGTDB-Tkreference data version r214:/hwfsxx1/ST_HN/P18Z10200N0423/huty/databases/GTDB_214.1/release214[2023-08-3116:01:13]INFO:Runninginstall verificat...