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这篇推文是数据处理过程中的合理的质量控制是很有必要的中的学徒作业,文章为:《IL-1β+ macrophages fuel pathogenic inflammation in pancreatic cancer》。数据集为GSE217845。 学徒作业的要求是:从上面的数据集GSE217845里面的10个胰腺癌的10x技术单细胞转录组数据的第一层次降维聚类分群里面提前髓系免疫细胞后,继续...
学徒作业的要求是:从上面的数据集GSE217845里面的10个胰腺癌的10x技术单细胞转录组数据的第一层次降维聚类分群里面提前髓系免疫细胞后,继续细分降维聚类拿到里面的巨噬细胞,然后继续细分巨噬细胞看看能否复现文章里面的: 复现文章的图1a 第一层次降维聚类分群 在做学徒作业的时候,sce.all.filt变量与上述推文中自行探索...
按细胞系+时间点,每组只有2个样本,不好做PCA。 2.2.1 按照细胞系做PCA table(tmp$CellLines)# BT549 HCC38 MDA-MB-157 MDA-MB-231# 6 6 6 6dat<-yy dat[1:4,1:4]# GSM2753951 GSM2753952 GSM2753953 GSM2753954#ZZZ3 637.4 669.6 339.3 690.0#ZZEF1 156.8 228.3 205.5 265.8#ZYX 438.5 1544.4 85...
1.作者自己上传H2数据混入了日期基因,导致H2少了28个基因的表达,所以自己分样本结果比原文少 2.不能粗暴的基因id转换,因为会去除很多基因,例如线粒体基因=-= 作者把60155个基因全部进行了注释,所以以后做单细胞,最好是通过gtf基因注释 合并 下面是合并3个sc,这里与文章有所不同,因为文章用的是seurat2,现在3可...
我有患者,也是小细胞肺癌的,通过化疗,先已存活五年,复查完全发现不到癌细胞了。看化疗疗效,看患者身体状况。化疗很便宜。因为化疗药物便宜。但是,如果化疗反应大,出现并发症,针对并发症费用就比较高。第一次会高些。因为要全面评估。以后化疗5000左右吧。关键是否出现化疗并发症,以及并发症的严重程度。小细胞肺癌一般...
目的:研究异补骨脂素对光老化人真皮成纤维(HDF)细胞ER/TGF-β1/Smads信号通路的调控效应。方法:建立长波紫外线(UVA)损伤HDF模型,给予不同浓度异补骨脂素和通路阻断剂进行干预,MTT法检测细胞增殖率,Western blotting和Real Time-PCR法检测各组细胞内信号转导分子(Smad3)、转化生长因子(TGF-β1)、Ⅰ型胶原(COL1A1...
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衰老是我们每个人都会经历的自然过程,随着现在人生活水平以及求美需求的不断提高,抗衰成为了大众关注的问题。在当人面部皮肤松弛下垂、当皱纹爬上脸庞时,其实很大程度上就是筋膜层不行了,我相信很多人都不了解筋膜层。 什么是筋膜层 人的面部结构从上至下分别为:表皮、真皮、皮下脂肪、筋膜层/SMAS、肌肉层、骨膜...