GSA(gene set analysis)分析 对每个时期之间比较的全部的差异基因做了GSA分析,然后从结果中看到一些与花分化相关的GO功能 取出来之后使用goatools进行分析,看一下层级关系图,以防漏掉一些关联的基因 (注:因为GSA分析参考的是导师给的示例代码,所以注释信息不做改动,保留原有格式) 安装加载R包 小tips:如果pinao包不...
其中,基因集分析(Gene Set Analysis)、基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis)、单样本基因集富集分析(Single Sample Gene Set Enrichment Analysis, ssGSEA)、基因集变异分析(Gene Set Variation Analysis, GSVA)是我目前遇到比较多的基因集分析方法,在这里对四者做一个详细的阐述和比较,以加深对这些方法的理...
针对不同时间点间的差异基因，我们进行了GSA分析。此分析揭示了与花朵分化紧密相关的基因集，涉及多个关键生物功能。为确保全面覆盖潜在关联基因，我们运用goatools工具深入探索了这些基因的层级关系，以避免遗漏。此过程遵循导师提供的代码示例，保持原有注释，确保分析的准确性和完整性。在R环境配置上，我们提...
topologyGSA: Gene Set Analysis Exploiting Pathway TopologySofia MassaGabriele Sales
基因集分析(Gene Set Analysis, GSA) 在生物学和生物信息学领域,GSA是一种用于分析基因表达数据的方法。它通过对一组感兴趣的基因集(如某个信号通路或生物学过程相关的基因集)进行统计分析,来评估这些基因集在特定实验条件下是否显著富集或差异表达。这种方法有助于揭示基因表达与生物...
MOTIVATION: Gene class testing (GCT) or gene set analysis (GSA) is a statistical approach to determine whether some functionally predefined sets of genes e... Tsai Chen-An,JJ Chen - 《Bioinformatics》 被引量: 153发表: 2009年 Comparing gene set analysis methods on single-nucleotide polymorphism...
Liangde Xu1,5, Ruijie Zhang1, Meilin Huang1, Ke Wang1, Jiankai Xu1, Hongchao Lv1, Zhenwei Shang1, Mingming Zhang1, Yongshuai Jiang1, Maozu Guo2,4 and Xia Li1 When compared with single gene functional analysis, gene set analysis (GSA) can extract more information from gene expression...
Gene Set Analysis (GSA) has proven to be a useful approach to microarray analysis. However, most of the method development for GSA has focused on the statistical tests to be used rather than on the generation of sets that will be tested. Existing methods of set generation are often overly ...
单细胞数据挖掘||Pathway and Network Analysis of Gene List Pathway analyses是组学实验分析的关键方法。然而,整合来自不同组学技术和不同物种的数据仍然需要大量的生物信息学知识。在单细胞数据科学中,Pathway analyses也是基因表达数据链接其他组学的主要路径,如单细胞转录组与代谢组学之间的链接。本文介绍的ReactomeGSA...
RNA-Seq is quickly becoming the preferred method for comprehensively characterizing whole transcriptome activity and the analysis of count data from RNA-Seq requires new computational tools. We developed GSAASeqSP, a novel toolset for genome-wide gene se