注4:编译GROMACS的MPI版本 GROMACS跨节点并行计算需要MPI库,支持OpenMPI>=1.6、MPICH>=1.4.1。在编译这种GROMACS之前首先要安装MPI库,这里用OpenMPI。去http://www.open-mpi.org下载OpenMPI最新版本,解压并进入此目录后运行以下命令,就会编译并安装OpenMPI到/sob/openmpi目录: ./configure --prefix=/sob/openmpi make...
GROMACS跨节点并行计算需要MPI库,支持OpenMPI>=1.6、MPICH>=1.4.1。在编译这种GROMACS之前首先要安装MPI库,这里用OpenMPI。去http://www.open-mpi.org下载OpenMPI最新版本,解压并进入此目录后运行以下命令,就会编译并安装OpenMPI到/sob/openmpi目录: ./configure --prefix=/sob/openmpi make all install -j 之后在用...
cmake这一步,-DCMAKE_INSTALL_PREFIX指定安装路径;-DCMAKE_C_COMPILER, -DCMAKE_CXX_COMPILER分别指定C, C++ MPI编译器;-DGMX_MPI=on编译可跨节点并行的版本;-DGMX_FFT_LIBRARY指定快速傅里叶变换库为FFTW;-DCMAKE_PREFIX_PATH指定了fftw的安装路径。 编译完成后,就可以看到可执行文件了,mpi后缀表明是并行...
在编译这种GROMACS之前首先要安装MPI库，这里用OpenMPI。去http://www.open-mpi.org下载OpenMPI最新版本...
编译和安装：运行`make`进行编译，随后使用`make install`进行安装。3. 设置MPI环境变量：添加路径变量：在`.bashrc`文件中追加`export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin`。4. 编译fftw的单双精度版本：切换到fftw-3.1.2目录：使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。配置编译选项：执行`./configure -...
安装OpenSSL，通过解压并配置包，确保其正确安装。添加环境变量至.bashrc文件，如下所示：export PATH=/home/jchen/openssl-3.0.0:$PATH 在Windows系统上，安装OpenMPI时，通过包管理器完成安装，使用以下命令验证安装：mpi -v openmpi -v 安装CUDA，注意版本匹配，下载并执行安装脚本，确保环境变量配置...
mdrun_mpi 注：安装过程每一步都可能出现error，可以重复试一下或是重装或换个新或旧的版本试试。回复...
--program-suffix=[suffix]给出来的程序名加个后缀,可以区分单双精度版本、串行并行版本。比如先不加--enable-mpi编译一遍,然后make distclean,再加上--enable-mpi和--program-suffix=_mpi编译一遍,这样mdrun和mdrun_mpi串并行版本互不干扰。实际上没有必要单独编译串行版本,如果只是1个CPU用,就当成-np 1即可。
当时装的时候里面装过OpenMPI，就直接加了-DGMX_MPI=ON进行的MPI版本安装，系统是CentOS 8 Stream版本...
下载安装mpi不好使用yum直接安装cmake因为yum下载的cmake版本过低，不适用于gromacs的编译 mpi官网下载安装包https://cmake.org/download/