需要安装MPI软件,编译安装的时候使用cmake -DMPI_C_COMPILER=mpicc -DGMX_MPI=on选项,编译产生的运行程序名默认是gmx_mpi,可以跨节点运行。使用方式如下:mpirun -np 4 gmx_mpi mdrun 注:1和2可以同时使用,2和3可以同时使用,1和3不能同时使用。在一个节点内,1比3性能更好。 如果需要跨节点,可以安装mpi...
cmake这一步,-DCMAKE_INSTALL_PREFIX指定安装路径;-DCMAKE_C_COMPILER, -DCMAKE_CXX_COMPILER分别指定C, C++ MPI编译器;-DGMX_MPI=on编译可跨节点并行的版本;-DGMX_FFT_LIBRARY指定快速傅里叶变换库为FFTW;-DCMAKE_PREFIX_PATH指定了fftw的安装路径。 编译完成后,就可以看到可执行文件了,mpi后缀表明是并行...
切换到fftw-3.1.2目录：使用`cd fftw-3.1.2`进行切换。配置编译选项：执行`./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2`进行配置。编译并安装：运行`make`进行编译，之后使用`make install`进行安装，最后执行`make distclean`清理编译残留。编译fftw的单精度版本：执行...
GROMACS跨节点并行计算需要MPI库,支持OpenMPI>=1.6、MPICH>=1.4.1。在编译这种GROMACS之前首先要安装MPI库,这里用OpenMPI。去http://www.open-mpi.org下载OpenMPI最新版本,解压并进入此目录后运行以下命令,就会编译并安装OpenMPI到/sob/openmpi目录: ./configure --prefix=/sob/openmpi make all install -j 之后在用...
有些人在家想要自己安装软件，但是又苦于没有办法，那么小编今天就在这里给大家分享一点我的小经验，希望可以给你们带来帮助。方法/步骤 1 首先：(1) 解压缩fftw，lam-mpi，gromacs源码 tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz 2 (2)编译lam-...
6、MPICH>=1.4.1。在编译这种GROMACS之前首先要安装MPI库，这里用OpenMPI。去http://www.open-mpi....
如果使用按量计费服务器,可在后续验证安装成功后保存镜像。 设置环境变量: source /root/gmx/bin/GMXRC 输入gmx --version如果显示版本信息则安装成功。(如果安装mpi版本,需要gmx_mpi,双精度版本需要gmx_d,如果不是自己安装的可在/root/gmx/bin/查看具体安装的版本) ...
GROMACS安装：Gromacs的安装首先需要3个文件fftw,lam-mpi,gromacs 或者可用openmpi代替lam-mpi，这里介绍用lam-mpi安装包。fftw-3.3.2.tar.gz，lam-7.1.4.tar.gz，gromacs-4.5.5.tar.gz 1．解压 tar –zxvf fftw-3.3.2.tar.gz tar –zxvf lam-7.1.4.tar.gz tar –zxvf gromacs-4.5.5.tar.gz...
sudo apt-get install g++ sudo apt-get install build-essential 安装OpenSSL，通过解压并配置包，确保其正确安装。添加环境变量至.bashrc文件，如下所示：export PATH=/home/jchen/openssl-3.0.0:$PATH 在Windows系统上，安装OpenMPI时，通过包管理器完成安装，使用以下命令验证安装：mpi -v openmpi -...