首先通过wget获取nvt.mdp参数文件 wget http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/Files/nvt.mdp 第二步通过grompp连接nvt.mdp, em.gro, topol.top并输出nvt.tpr文件 并通过mdrun 运行 gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr gmx mdrun -deffnm nvt -f 指定mdp参数...
gmx help selections 一、水中的溶菌酶 Lysozyme in Water cd /data/user/sam/project/gromacs/test 从PDB上下载1aki.pdb 1.1 准备拓扑结构 注意,这种方法并非普遍适用(例如,紧密结合或以其他方式起作用的活性位点水分子的情况)。 对于我们这里的意图,我们不需要结晶水。 grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean....
打开北鲲云超算平台,注册登录后在/home/cloudam/jobs下新建文件夹Lysozyme,将准备好的protein.pdb文件直接拖拽到该文件中,即可完成上传。上传文件和下载文件都可以利用sftp非常方便完成。 除了命令行,北鲲云还有可视化和图形界面作业提交方式。可视化无需代码,比较适合无计算机专业背景的同学,图形界面适合于单节点小规模计算...
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溶菌酶 （Lysozyme）又称胞壁质酶 （Muramidase），存在于卵清、唾液等生物分泌液中，能够催化细菌细胞壁肽聚糖N-乙酰氨基葡糖和 N-乙酰胞壁酸之间的β-1，4 糖苷键的水解。当与带负电荷的病毒蛋白相互结合时，溶菌酶能够与 DNA、RNA、脱辅基蛋白形成复盐，这种复盐可使病毒失去活力。蛋清溶菌酶是目前研究最为...
1、GROMACS TutorialLysozyme in WaterJusti n LemkulDepartme nt of Biochemistry, Virgi nia TechusingThis example will guide a new user through the process of sett ing up a simulatio n system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an expla ...
Lysozyme in Water: The intent of this tutorial is to give new users a basic introduction into the tools used to prepare, run, and perform simple analysis on a "typical" system with GROMACS. KALP15 in DPPC: This tutorial is more advanced, and is designed for more experienced users who wan...
WARNING: all CONECT records are ignored Read 'LYSOZYME', 1001 atoms Analyzing pdb file Splitting chemical chains based on TER records or chain id changing. There are 1 chains and 0 blocks of water and 129 residues with 1001 atoms chain #res #atoms 1 'A' 129 1001 All occupancies are ...
Lysozyme in Water Justin Lemkul Department of Biochemistry, Virginia Tech This example will guide a new user through the process of setting up a simulation system containing a protein (lysozyme) in a box of water, with ions. Each step will contain an explanation of input and output, using ty...