•PRODRG2(http://prodrg1.dyndns.org/):历史非常悠久很有名的生成Gromacs拓扑文件的在线工具。只支持GROMOS87/96力场,生成gromacs和其它一些程序的拓扑文件。原子电荷是根据基团指认的,如果基团识别不对那么电荷也不可靠。有在线版和离线版。可以选择自动优化分子结构。此工具在J. Chem. Inf. Model., 50, 2221 ...
acpype是一个Python脚本，适用于基于GAFF力场的有机和部分无机体系的拓扑文件生成。PRODRG2是一个在线工具，专门针对GROMOS87/96力场生成拓扑文件，但电荷分配可能存在问题。ATB是在线工具，提供了GROMACS和GROMOS程序的拓扑文件生成，但原子电荷和参数可靠性一般。MKTOP是Perl脚本，支持OPLS-AA和AMBER03力场，...
https://liuyujie714blog.coding.net/s/400fa138-2094-4f5e-a0f5-f4bcbdfa2b5f 再重申一下这个工具主要就涉及到就我说的那几类体系,不要乱用。 最后那个说的伪拓扑,意思是产生一个拓扑框架的itp,然后根据文献的参数进行调整和修改成正确的值,比如夹角,键长,电荷等等。参考下面的视演示链接: https://liuyu...
比如电解液体系为1mol LiPF6+1mol LiTFSI/(EC:DEC:DMC)，如何用sobtop和RESP2生成拓扑文件。
GROMACS: gmx pdb2gmx, version 2020.6-MODIFIED Executable: C:\gmx2020.6_GPU\bin\\gmx....
gromacs solvate命令运行完生成的两个文件是同一个目录下的文件,但它们具有不同的文件名和时间戳。下面具体解释一下这两个文件的可能含义和区别: topol.top:这是一个正常的文件,其文件权限为 -rw-r--r--,意味…
新手小白：在pdb2gmx程序文件产生拓扑文件,体系中有其不能识别的残基，然后报错，没法生成itp文件，这个...
我用ms建了一个甲醇模型导出为pdb文件，packmol实现了一个多分子溶液，在namd上生成psf文件时候拓扑文件...
生成拓扑文件 指定好每个原子的原子类型后, OPLSAA Atom Types文本框内会列出每个原子的原子类型, 这些原子类型也可以直接进行修改. 确认正确后, 点击Create Topology File即可生成GROMACS拓扑文件. 点击Save Topology File即可下载生成的拓扑文件. 其他辅助功能 ...
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