1.接下来阐述我的具体操作：1-a:生成F3 的 top文件使用的是sobtop程序，RESP电荷按照高斯+Multiwfn生成...
gmxmindist-ftraj.xtc-stopol.tpr-odminimal-periodic-distance.xvg-pi 周期性映像之间的最小距离多大, 何时出现? 在你的模拟过程中, 用于长程非键作用的截断距离是多少? 根据这一距离, 两个周期性映像之间允许的最近距离多大? 当最小距离小于截断距离时, 哪一非键能量项受影响最大, 为什么? 如果最小距离小...
total-energy，potential，kinetic En等数据来自gmx energy；倒数第二列的δG和δA数据来自gmx energy -...
From energy sourcing to the supply chain, sustainability remains a key factor in our decision-making process. Through the use of green energy, we minimize our CO₂ emissions. We also continuously improve the efficiency of our data centers. New servers are built with the most energy-efficient ...
Intro gmx energy能够计算的分子间相互作用主要分为两块:范德华相互作用和库伦相互作用。其中范德华相互作用随距离的增加而衰减很快,因而可以认为是一种短程的相互作用;而库伦相互作用随距离的增加而衰减较慢,…
1. 建模和计算操作命令: 1.1. 创建拓扑与坐标文件 gmxeditconf- 编辑模拟盒子以及写入子组(subgroups) gmxprotonate- 结构质子化 gmxx2top- 根据坐标生成原始拓扑文件 gmxsolvate - 体系溶剂化 gmxinsert-molecules- 将分子插入已有空位 gmxgenconf- 增加”随机”取向的构象 ...
1、科研笔记1:Gromacs安装以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装方法,其实大部分都已经过时,这里专述一文,帮助大家入门。第一步:下载最新版本的Gromacs软件包,比如2014.4.3最新正式版本是gromacs-4.6.5.tar.gz。注意:由于4.6.x及其以上版本和4.5.x及其以下版本...
查看上面提供的mdp文件, 你使用哪个温度模拟体系? 选择这一特定温度的原因何在? 编辑完参数文件后, 使用grompp和mdrun程序来准备和运行模拟: gmxgrompp-v-f 03_nvt_pr1000_PME.mdp-cprotein-EM-solvated.gro-pprotein.top-oprotein-NVT-PR1000.tpr
vmd是将视频一帧一桢形成图片格式输出然后再在另一个软件中组成一个动画因此图片就是你一会做动画的来源既然图片选择snapshot快照那也就是说你必须将动画置于窗口而不能最小化否则相当于无法截第四步 科研笔记1:Gromacs安装 以前跑MD都是用NAMD软件包,今天开始正式使用Gromacs软件包。在安装过程中看了网上很多的安装...
如题，contact map的绘制的话，gmx有自带的程序可以完成绘制吗。另外关于FES图，主要是自由能如何计算呢...