gmx editconf -f dppc.pdb -o dppc_box.gro -d 0.0 -rotate 0 0 -90 editconf命令的参数和说明都可以使用gmx help editconf命令查看。这里简单介绍下-d 0.0和-rotate 0 0 -90的含义。 通常我们使用editconf建盒子呢,有两种方式:一是直接利用-box参数直接指定盒子尺寸等信息,二是利用-d参数指定盒子边缘距离...
如果使用“-n”或者“-ndef”参数为程序指定一个索引文件，则editconf可以选择系统中某一个组计算盒子大小或者几何中心，否则整个系统都会被考虑在内。 参数“-rotate”用来旋转系统，按照给定数值在该坐标系上进行旋转。如“-rotate0300”，则表示将系统绕Y轴顺时间方向旋转30度。 参数“-princ”用来将系统（或者...
GMX.4editconf 下载积分:1000 内容提示: editconf 是 GMX 最重要的程序之一。 它的主要功能是对系统结构进行编辑,同时它也把系统结构文件保存或者转换到不同的文件格式中,如 gro、g96、pdb 文件等。 在 分子动力学模拟中,通常给模拟系统添加一个模拟盒子(周期性的盒子,原子从这边出去了,就从那边进来,通俗吧)。
from gmx editconf -center). Comments in that file starting with # are ignored. Option -dr defines the maximally allowed displacements during insertial trials. -try and -rot work as in the default mode (see above). Options Options to specify input files: -f [<.gro/.g96/...>] (...
>> editconf -f conf.gro -o output.pdb -rotate 0 0 25.4 >> and then: >> editconf -f output.pdb -o newbox.pdb -rotate 0 127.67548 0 >> as a result my molecul is located out of box totally,of course drug and >> protein are bind to eachother yet. ...