官网:github.com/Kinggerm/Get 一、GetOrganelle软件 1.介绍 GetOrganelle软件应用于细胞器基因组的组装,包含embplant_pt(高等植物质体), embplant_mt(高等植物线粒体),embplant_nr(高等植物核糖体 RNA), fungus_mt (真菌线粒体),fungus_nr(真菌核糖体 RNA) , animal_mt (动物线粒体)和other_pt(其他植物质...
细胞器基因组的组装和注释(Getorganelle ) 之前有过用二代测序的数据组装植物叶绿体基因组昆虫线粒体的经历,用的是单位的超算(Linux系统)。 用到的软件为Getorganelle和Mitofinder,这里先介绍Getorganelle。 GetOrganelle 官网:https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle 下面的教程基本来自于对官网教程的翻译,如有需要可以...
GetOrganelle v1.7.2 Compare Kinggermreleased this10 Dec 15:57 ·154 commitsto master since this release 1.7.2 3bd59f0 slim_graph.py: fix a bug in parsing options automatically adding --phred-offset to avoid hammer failures MergingHistory and ConsensusHistory added, in replace of using the ...
关键词:零基础;叶绿体基因组;神器;国人佳作;一键成环。 软件官网:https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle GetOrganelle 这款软件是 建军和郁文彬 老师开发的,发表在 Genome Biology 上。 个人 有幸 在去年 年 底见 过两 位,也了 解到 GetOrganelle 软件,但一直没有实际应用场景。 以前对某个物种的群体重测序...
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz 按照官网说明,60秒可以组装好拟南芥这套数据 ...
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz then verify the integrity of downloaded files using md5sum:...
软件的github主页对软件的使用方法介绍的很详细,这款软件是昆明植物所的老师开发的,还开设了qq群进行答疑,qq群号在gitbub的主页末尾可以看到 安装直接使用conda,非常容易 conda install -c bioconda getorganelle 想要在linux系统下使用conda命令需要安装miniconda或者Anaconda3,我之前录制过一期视频介绍linux系统安装 Anaconda...
svn co https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleDB/trunk/0.0.1 get_organelle_config.py -a embplant_pt,embplant_mt --use-local ./0.0.1 Use git clone to clone the entire repository (ca. 200 MB): git clone https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleDB get_organelle_config.py -a embplant...
wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz wget https://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz ## 组装叶绿体基因组 get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2...
wgethttps://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.1.fq.gz wgethttps://github.com/Kinggerm/GetOrganelleGallery/raw/master/Test/reads/Arabidopsis_simulated.2.fq.gz ## 组装叶绿体基因组 get_organelle_from_reads.py -1 Arabidopsis_simulated.1.fq.gz -2 Ara...