一、GetOrganelle软件 1.介绍 GetOrganelle软件应用于细胞器基因组的组装,包含embplant_pt(高等植物质体), embplant_mt(高等植物线粒体),embplant_nr(高等植物核糖体 RNA), fungus_mt (真菌线粒体),fungus_nr(真菌核糖体 RNA) , animal_mt (动物线粒体)和other_pt(其他植物质体)数据库。 质体:植物细胞中由...
--min-depth 10 ”和“--max-depth10000”这两条命令是备选的,具体的depth需要可以自行设定。 GetOrganelle推荐组装命令介绍—graph.gfa开始 使用Bandage编辑保存是graph.gfa后*, 两步命令: 代码语言:javascript 复制 gfa_to_fastg.py graph.gfa get_organelle_from_assembly.py -g graph.gfa.fastg -F embpla...
GetOrganelle的主要用途是用基因组测序数据组装完整的细胞器基因组,需要调用的软件包括SPAdes、Bowtie2、BLAST+、Bandage。 GetOrganelle对组装植物质体基因组尤其好用。 GetOrganelle的安装 最简单的安装GetOrganell和它依赖的软件的方法就是用conda安装: conda install -c bioconda getorganelle 当然用conda安装的前提是你已...
45,65,85,105-F embplant_pt# 该代码来自getorganelle作者官网-1-2输入双向测序数据,解压或者压缩文件均可-o 指定输入文件的路径-R 似乎是sample的循环迭代次数-k K-mer参数,不可超过reads的最大读长-F 指定参考基因组,一般植物基因组为embplant_pt
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GetOrganelle是一款由中国科学院昆明植物研究所的金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件,主要用于从基因组测序数据中组装完整的细胞器基因组,尤其擅长组装植物质体基因组。 需要调用的软件包括SPAdes、Bowtie2、BLAST+、Bandage等。更详细的内容见软件官网。
GetOrganelle的核心流程包括:1)通过“种子”序列获得部分目标相关reads,2)延伸reads获得所有目标相关reads,3)对reads进行从头组装得到组装图形,4)过滤组装图形,5)识别细胞器组分并自动导出所有可能的细胞器基因组结构(图1)。GetOrganelle在“baiting and iterati...
GetOrganelle和NOVOPlasty分别在50个公开植物数据上的四组不同参数的测试结果 基于Read mapping用50种植物的公开数据,评估并比较GetOrganelle组装质量、NOVOPlasty组装质量的和已发表的质体基因组的组装质量,统计三者在组装质量上最好(最多reads数、最高深度或者最低错误率)的样本个数。
GetOrganelle https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件,论文发表在Genome Biology。 GetOrganelle的核心流程包括: 1)通过“种子”序列获得部分目标相关reads; 2)延伸reads获得所有目标相关reads; 3)对reads进行从头组装得到组装图形; 4...
2019年1月、8月,2020年1月:GetOrganelle相关的三期培训班在中科院西双版纳热带植物园举办,全国30余所院校近100余人次参与; 2020年3月:GetOrganelle快装版在Bioconda上线。 2020年7月:GetOrganelle最新稳定版version 1.7.1在线;GetOrganelle动物meta-mitogenomics测试版已经上线。