将转录组测序数据中的基因ID(例如ENSEMBL ID、RefSeq ID等)转换为基因符号(Gene Symbol)是生物信息学分析中常见的需求。以下是一些常用的方法和工具: 1.使用生物信息学工具包:可以使用一些生物信息学工具包进行转换,例如Bioconductor的R包。在R中,您可以使用org.Hs.eg.db(人类)、org.Mm.eg.db(小鼠)等注释包来...
在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) 转换为gene symbol(gene_name)的情况,而在转换时经常会出现多个ensembl_id对应与一个gene symbol的情形,此时就出现了重复的gene symbol。 重复的gene symbol当然是不能作为基因表达矩阵行名的,此时就需要我们去除重复的gene ...
② Ensemble Gene ID转换为Gene symbol # cc$`Ensembl Gene ID`为输入的基因 # fromType为当前基因命名方式 # toType为转换成哪种基因命名方式 # OrgDb为数据库,鼠为org.Mm.eg.db cc2 <- bitr(cc$`Ensembl Gene ID`,fromType = 'ENSEMBL',toType = 'SYMBOL',OrgDb = "org.Hs.eg.db") ③ Entrez...
比如现在新版RNA-seq的counts文档的Gene_ID全部变成了ensembl_ID,这个时候需要利用我们之前的方法做ID转...
-source:需要转换的ID在GTF中的称谓,如在GTF中把ENSG00000000003称为gene_id,这个需要根据GTF实际来,可以通过less hg19.gtf查看在GTF中需要转换的ID在GTF注释中的称谓,需要和笔者一样使用的是Ensembl的GTF那么,geneid就是gene_id,转录本id就是transcript_id,而symbol就是gene_name; ...
EntrezID 转换 如何将结果中的Gene ID列转换为我们熟悉的Gene Symbol呢,可以这样处理: y<-setReadable(ego4,OrgDb=org.Hs.eg.db,keyType="ENTREZID")y@result 这个时候得到的结果就是带有Gene Symbol的文件 以上是人源数据的处理,使用OrgDb =org.Hs.eg.db;如...
另外,这个数据库对于转换的结果,默认的都会添加gene symbol的。所以在输出选择里面是没有gene symbol这个选项的。另外这个由于这个数据库做富集的时候支持多种不同形式的ID来进行富集。所以在基因转换的时候也是支持的。例如我们输入这些混合的ID,就可以得到所有和这些ID有关的基因名了。biomart 之前在某一个帖子里面...
Gene ID 转换工具 我们在研究基因的时候,尤其是在研究高通量数据分析,经常会碰到我们研究的这个数据的基因ID不是我们通常意义上的基因名。拿TCGA的数据举例,TCGA RNA-seq的数据比对的基因是ID是Ensembl数据库的ID号,如果我们拿到这样的ID号的话,有一些分析是进行不下去的,所以需要转化为传统意义上的Gene Symbol。
② 云工具【基因id转换】该小工具使用R包org.*.eg.db(Version:3.14.0),实现常见物种的基因id转换,输入待转换的基因id类型(Ensembl gene ID、NCBI Entrez gene ID或Gene Symbol),将输入的基因类型,转化为另外几种类型。可选物种包括人、小鼠、大鼠、牛、狗、鸡、蝇、拟南芥等。③ 云工具【同源基因转换...