如果是高通量测序数据,一般要同步进入该GSE对应的SRA里面去下载sra数据,然后转为fastq格式数据再进行处理。 特定类型搜索: 可以在GEO数据库首页点击Repository Browser,进行特定类型的检索。 进入页面我们可以看见,序列,平台,样本和物种的选项卡,我们可以通过其进行筛选、检索。 最后,点击对应对应的数据即可。 好了,关于...
GEO全称Gene Expression Omnibus data base,由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库(通过NCBI首页,All Databases下拉框中选择GEO DataSets)。收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据。2000年开始建立的时候,主要是表达芯片数据(如其名),但是之后随着数据库的流行,逐渐扩展业务到许多其它的高通量...
GEO,全称为Gene Expression Omnibus data base,由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。该数据库收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,包括但不限于表达芯片数据、甲基化数据、染色质结构数据和基因组-蛋白交互作用数据。GEO数据库的记录方式不仅包括原始数据、处理过的数据和...
GEO (Gene Expression Omnibus): 高通量基因表达数据库[J]. 中国生物化学与分子生物学. (LIU Hua, MA Wen-li, ZHENG Wen-ling. GEO(Gene Expression Omnibus): High throught gene expression omnibus[J]. Chinese Journal of Biochemistry and Molecular Biology),2007,23(3):236-244.刘华;马文丽;郑文岭....
GeneExpressionOmnibus(GEO)/ Microarraysingeneexpression Atypicalgeneexpressionanalysisexperiment:1.Differentialsystems–e.g.cancervs.normal,drugvs.nodrug 2.Choose/preparethemicroarray3.ExtracttotalmRNA(transcriptome)4.Reversetranscription/dyelabeling5.Combineequalamounts6.Hybridize7.Scan8.ANALYSEANDINTERPRETTHE...
GEO(Gene Expression Omnibus)数据库由美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立。该数据库存储了全球范围内科研工作者上传的高通量数据的初步分析结果,包括微阵列芯片、转录组二代测序表达量文件,甲基化结果文件等。GEO的结果文件可以免费下载,是进行数据挖掘的理想数据库。本文中...
(GeneExpressionOmnibus)数据库包括高通量实验数据的广泛分类,有单 通道和双通道 以微阵列为基础的对mRNA 丰度的测定;基因组DNA 和蛋白质分子的实验数据; 其中包括来自以 非阵列为基础的高通量功能基因组学和蛋白质组学技术的数据也被存档,例如基 因表达系列分析 (serialanalysisofgeneexpression,sAGE)和蛋白质鉴定...
用于基因数据挖掘的基因表达数据库GEO 使用高通量方法学来检测基因表达情况在最近几年已非常普遍。微集芯片技术可同时定量成千上万的基因转录本。基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus简称GEO)是目... 余海浪,马文丽,郑文岭 - 《中国生物工程杂志》 被引量: 41发表: 2007年 用于基因数据挖掘的基因表达数据库...
GEO数据库,全称GENE EXPRESSION OMNIBUS,是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年,收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据,即只要是目前已经发表的论文,论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到,而且该数据库是免费的。
1、Gene Expression Omnibus (GEO) /第1页,共24页。Microarrays in gene expressionA typical gene expression analysis experiment:Differential systems e.g. cancer vs. normal, drug vs. no drugChoose/prepare the microarrayExtract total mRNA (transcriptome)Reverse transcription/dye labeling Combine equal ...