6)可以直接使用GenBank的gi获取码在GO数据库中进行查询吗? GO 数据库中除了Compugen所提供的GenBank获取码之外,没有包含其他GenBank获取码的信息,但是在EBI的GOA(GO Annotation)中,有一个综合的对GenBank/EMBL/DDBJ进行查询的方式,详细请见:ftp: //http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/GO/goa/HUMAN/xrefs....
2. 下载大豆Wm82.a4.v1版本的基因注释文件(gene annotation gff3 file),该文件包含了所有基因的基本信息,包括ID、Symbol、描述、 PermissionDenied等。然后你可以在该文件中根据ID查找对应的symbol信息。注释文件可以从SoyBase数据库下载:https://soybase.org/gb2/gbrowse/g 注释文件可以从SoyBase数据库...
下载gencode.v38.annotation.gtf.gz文件,并在 linux 下解压缩。 gunzip gencode.v38.annotation.gtf.gz ②用 bash 整理 考虑到速度,这里用到了 awk、sed 等,直接上代码: awk '{if(!NF || /^#/){next}}1' gencode.v38.annotation.gtf | awk '{$2=null;$6=null;$7=null;$8=null;print $3"...
Gene Ontology(GO)简介与使用介绍