以往可能需要几十张流式图才能表达的内容,在一张降维图就能囊括,对于大数据的分析十分重要。FlowJo®目前有三种降维插件: * t-SNE * UMAP * TriMap 分别对应三种不同的降维算法。 Step05 聚类分析 聚类算法能够将表达相同的细胞聚为一群。算法全盘考虑所有参数,不受圈门逻辑约束。聚类的结果和降维的结果重叠分析...
但是使用T-SNE降维分析等大数据分析能够将自身免疫相关B亚群的异质性、能够将不同的群体非常Easy的展示出来。 自身免疫相关B亚群的异质性 B与自身免疫易感亚群重叠 CD19+CD21lo B细胞的异质性; 换成HeatMap&旭日图表达输出 问:但是降维聚类插件那么多,我该如何选? 答:其实降维聚类没有说一定要选哪种方式,哪种...
可能有人说以前也可以,是的,以前是需要将wsp、配置文件、FCS文件自己打包发送,现在导出ACS之后相当于已经直接压缩为类似于zip压缩格式了,而且是国际公认的标准化格式。 7、插件中的t-SNE V10.5版本对t-SNE算法进行优化,增强了 t-SNE 功能的自动化和易用性。 tSNE 专属功能图标 无需繁琐设置 可视化进度条 结果显...
多通道复杂的流式门套门数据变为简洁的tSNE降维分析图,更直观的反应所占比例和隶属关系。 流式数据tSNE示意图 原理:T-sne:T-Distributed random Neighbor embedded (tSNE)是一种降维算法,它允许在保持数据结构的同时,在更小的维数下实现复杂多维数据的可视化。 那么什么是流式的降维分析? 详细原理看下面的视频链接...
培训内容:FlowJo流式数据分析软件常用插件安装及大数据分析t-SNE等。培训时间:2020年9月25日(周五)9:00-11:00培训地点:线上培训-腾讯会议联系电话:13021308670 季姣姣18801155582 焦鹏程 报名方式:访问链接:http://gxyqtsinghua.mikecrm.com/hG...
分析工具:FlowJoV10.6软件,t-SNE降维插件,FlowSOM/Phenograph聚类插件,EmbedSOM可视化嵌入分析工具,ClusterExplorer插件(所有插件均可从FowJo Exchange网站免费下载)。 往期精彩 【王老师带你玩转FlowJo®系列】首发预告! 王老师带你玩转FlowJo®系列之破冰分选—HyperFinder ...
HyperFinder插件的出现简化了原有的Diva分析-Diva分选难度,在保证分选纯度和精准度的前提下,将复杂参数和计算机自动圈门策略引入分选实验,也就是说可以在诸如t-SNE或UMAP的降维结果上直接圈取目的细胞群进行分选。与此同时,FlowJo®和FACS Diva相互兼容的特点也起到了绝对作用,使得深度的数据分析结果应用起来更为灵活...
图3C为ClusterExplorer插件展示聚类结果。ClusterExplorer的功能主要是将算法自动聚类的结果以折线图,热图以及在tSNE上显示分布区域的方式进行展示。利用这些工具我们可以轻松的找到目标群体同时聚焦每个群体中每个marker的表达情况。 (图3C) 注: 分析工具:FlowJoV10.6软件,t-SNE降维插件,FlowSOM/Phenograph聚类插件,EmbedSOM...
① 在运行ClusterExplorer插件时,请先运行完毕降维(FlowJo中有t-SNE,UMAP,TriMap)以及聚类算法。 Tips:FlowJo软件中可供选择的算法种类繁多,大家可以结合自己的分析需求选择其中一种或者多种,给大家演示的数据中我们分别应用了两种降维(t-SNE/UMAP)和两种聚类(FlowSOM/Phenograph)算法。
4. 自动聚类分析插件又快又好:V10.5 版本对 t-SNE 算法进行优化,增强了t-SNE功能的自动化和易用性。 五激光流式细胞仪分析仪主要技术参数: 355nm: A 610LP, 670LP (Hoechst Red); B 450/20 (DAPI) 405nm : A 595LP, 605/15 (BV605); B 495LP, 510/50 (BV510); C 457/50 (BV421) 48...