特别是FEP+，该工具集成了增强采样技术和分子动力学模拟，已成为基于结构的药物设计（SBDD）的核心平台之一。该平台通过GPU计算引擎和直观的用户界面，为药物发现中的实际应用提供了巨大的支持。03 FEP的关键组成部分 FEP计算依赖于三个主要因素：力场的准确性、采样效率和化学变换协议。每一个因素对于获得可靠的自由能...
根据之前我们的测试,Flare FEP对典型的算例(蛋白大约300-400氨基酸长度,每个λ窗口进行4ns的模拟,每对分子双向转化含18个λ窗口)在AWS云上常见的GPU计算资源测试的性能表现如表1所示。 表1. Flare FEP在AWS常见GPU计算资源上的性能表现 北京超级云计算中心GPU资源的特点在于可提供众多的RTX 3090 GPU计算资源,本文的...
1、某头部云服务商：采用君昇FEP波纹管后，液冷系统泄漏率降至0.001%，服务器PUE（能源使用效率）从1.25优化至1.08。 2、AI算力中心：在GPU集群液冷改造中，君昇管件的柔韧性使安装效率提升40%，运维成本下降30%。 在数据处理服务器液冷系统中，管道的可靠性直接决定散热效率和运维成本。君昇FEP波纹管凭借...
值得注意的是,GPU运行FEP程序有三种FEP Systems可供输入,分别是Binding(需要溶剂化的复合物和溶剂化的配体作为输入)、Hydration(需要溶剂化配体和真空配体作为输入,可以结算水合自由能)、Single(运行三个可能的系统中的一个,在运行两个单一类型的计算后,手动结合结果,以获得Binding或Hydration自由能)。其中真空配体的文件...
GPU加速的原理 Figure 2. FEP默认采用全连接、双向网络进行计算 如图2所示,Flare默认采用全连接、双向网络进行FEP计算,每个连接(link)有9个λ窗口(默认值,可以调整),正常模式下每个连接计算两次(A->B与B->A, 即双向计算),所以每对连接在一起的分子有18个λ窗口需要计算。每个λ窗口计算都是互相独立的,因此可以...
Schrödinger has a strategic partnership with NVIDIA to optimize our computational drug discovery platform for NVIDIA GPU technology. Learn more Documentation & Tutorials Get answers to common questions and learn best practices for using Schrödinger’s software. Life Science Tutorial Protein pKa Predi...
近日速石科技与深势科技宣布，共同部署完成了基于云平台的高通量自由能微扰计算方案。该方案以速石科技一站式新药研发云平台fastone为基础，融合深势科技Hermite™药物计算设计平台，能够自动化弹性调用超过百张GPU卡进行Uni-FEP计算任务，显著提升新药早期研发效率。目前，这一方案已在加科思药业正式启用。本次联合方案...
不幸的是，NAMD明确表示不支持GPU计算FEP，查了下，GROMACS也不行。哪位知道有没有动力学软件支持GPU算...
高效性:氢传质允许使用更大的时间步长,这可以加快模拟的两倍。协定的λ方案可以将λ窗口总数从22个减少到11个,从而提高仿真速度。结果表明,FEP模拟的GPU成本可以降低8倍,同时以最小的统计不确定性增加产生类似的结果。 可负担:通过这些努力来提高FEP计算的效率,可以根据取决于系统的大小、采用何种...
最新更新：2022年7月6日 在学术研究的领域，薛定谔自由能微扰（FEP）和百度AI Studio的结合为药物设计带来了革命性变化。以往，分子对接作为评估药物候选分子的方法，其准确性受到限制。然而，薛定谔FEP的引入，凭借百度AI的强大GPU支持，显著提升了药物研发的精确度，特别是在评估分子的合成价值上。尽管FEP...