其中参数-o设置结果文件输出路径,默认为当前路径;-q为安静模式运行;-t设置所使用的核数,根据服务器情况而定,更多命令行选项使用命令fastqc -h来查看。fastqfile为原始测序数据,也可以是fq.gz压缩文件: 代码语言:javascript 复制 #可以同时检查正反向原始数据: fastqc-o fastqc-t20R1.fastqR2.fastq #对于大批量的...
其中参数-o设置结果文件输出路径,默认为当前路径;-q为安静模式运行;-t设置所使用的核数,根据服务器情况而定,更多命令行选项使用命令fastqc -h来查看。fastqfile为原始测序数据,也可以是fq.gz压缩文件: #可以同时检查正反向原始数据: fastqc -o fastqc -t 20 R1.fastq R2.fastq #对于大批量的数据,也可以用过...
有效格式为bam、sam、bam_map、sam_map和FASTQ。 -t --threads 指定可以同时处理的文件数。将为每个线程分配250MB内存,因此运行的线程数不应超过可用内存所能处理的数量,并且在32位计算机上运行的线程不应超过6个。 -c --contaminants 指定一个文件,该文件包含要筛选的污染序列列表。文件必须的格式为name[tab]se...
FASTQ是存储原始测序读片的一种文本文件格式,常用于表示高通量测序仪输出的核苷酸序列及其对应的质量信息。
22转录组分析_对GSE155902批量trim_galore质控_20210606 2970 2 11:46 App 21转录组分析_对GSE155902批量fastQC质控_20210606 5479 3 10:59 App 7转录组分析课程_linux中安装miniconda3_20210403 736 0 12:18 App 4转录组分析课程_Linux登陆、注销、图形化与命令行切换_20210403 1499 0 07:31 App 23转录组...
命令的基本格式为:fastqc [选项]测序数据文件,其中常用的选项包括:-t设置线程数、-o输出文件目录等。例如,要评估一个名为sample.fastq的测序数据文件,可以使用以下命令:fastqc sample.fastq。 查看质量报告:运行FastQC后,会生成一个HTML格式的质量报告文件,通常命名为sample_fastqc.html(其中sample为输入的文件名)。
首先是下机数据fastqc之后会生成一个html格式的报告,根据报告可以看出自己数据的特点,便于之后clean的参数设置。以下是fastqc(v0.11.5)报告的内容说明(以自己的数据为例,经公司粗过滤后的下机数据)有网上搜索到的也有自己的体会: basic statistics: 基本信息 ...
6. Sequence Duplication Levels:序列重复级别较低。表明样本中没有明显的PCR重复或测序重复,数据可靠性高。 7. Overrepresented Sequences:未检测到过多的重复序列。这表明样本中没有明显的污染或引物残留。 综上所述,FastQC报告结果表明测序质量良好,样品适用于后续数据分析和解读。©...
FastQC是一款用于高通量序列数据质量控制的软件，可生成交互式的html格式报告，便于用户检查序列质量。安装方面，若已安装Java环境，可从FastQC官网下载安装包。未安装Java的同学，推荐使用miniconda3，因其包含了多种生物信息学软件，便于后续使用。安装完成后，通过命令行使用FastQC，指定输入文件类型，如fastq...