甘蔗EST序列的SSR信息分析
刺叶苏铁EST序列中SSR信息分析
EST 序列的 SSR 信息分析闫学兵1, 阙友雄1, 许莉萍1*, 郭晋隆1, 陈如凯1, 潘永保21 农业部甘蔗遗传改良重点开放实验室, 中国福州2 美国农业部甘蔗研究所, 美国路州, 70360350002摘要从 NCBI 公共数据库获得 262 113 条甘蔗 EST, 通过前处理和聚类拼接得到全长为 50 058.89 kb 的无冗余Unigene 62 565 条...
< 鮸鱼全长均一化cDNA文库的构建及EST序列信息学分析搜索 阅读原文 下载APP
获得序列的特征信息,并筛选出有意义的EST序列。 通过生物信息学方法快速筛选获得肺癌相关已知EST序列3条,排除1条DNA 污染序列。分析结果显示有2条序列与已知区域匹配;多数序列与已知CDS的外显 子同源,对其中几条差异表达条带进行克隆、测序,经序列分析及同源性比较,表明 ...
菠菜Y 染色体特异 EST 序列的快速克隆及生物信息学分析菠菜(Spinacia oleracea L.),又名波斯菜、田菜等,通常为雌雄异株植 物,雌株和雄株在形态上有明显差异,雄株花常呈穗状,着生于花茎的顶端或叶 腋处,雌株花常多个花蕾成团着生于叶腋处,其性别决定方式为 XY 型,性染色 体演化水平处于性染色体演化的第二...
丹参EST序列中SSR信息的分析及分子标记的建立
本文首先提出了针对EST和NGS数据的综合处理框架,然后基于此框架构建了在线生物信息分析平台。目前,该平台主要研究了两类问题,即EST的模式分析和基于NGS的多聚腺苷化分析,以后可按照新的分析需求不断拓展功能模块。上述两类问题分析如下。(1)基因组注释与基因表达等应用的成功很大程度上依赖于EST序列的质量。然而,一些...
摘要: 利用RNA-Seq技术对三角鲂的肝脏进行了转录组测序,获得了大量EST序列后,利用MISA软件进行微卫星信息分析.结果表明,通过转录组测序获得三角鲂EST序列62780条,长度31.9 Mb,发现8853个SSR,出现频率为14.1%.在三角鲂EST-SSR中,重复单元以1～2碱基重复为最多,并以长度小于16 bp的短... 查看全部>> ...
EST-SSR标记 毛细管电泳 多态性 菠萝EST资源的SSR信息分析与开发 分子生物学 菠萝 表达序列标签 简单重复序列 芝麻EST-SSR标记的开发和初步研究 芝麻 表达序列标签(EST) 简单重复序列(SSR) 多态信息含量(PIC) 遗传多样性 杨树锈菌表达序列微卫星分析及EST-SSR标记开发 表达序列标签 SSR标记 杨树锈菌 微卫星变异...