DNA甲基化在CpG岛常见,特别是在启动子区域,通常与基因沉默相关。CpG岛主要位于基因组中富含GC的区域,这些区域通常与转录起始位点邻近。 CHG:CHG甲基化是一种相对较新的发现,它在基因表达调控中的作用尚在研究中。研究表明,CHG甲基化可能与CpG岛的甲基化一样重要,但其在基因表达调控中的作用可能更为复杂。 CHH:...
DNA甲基化是基因表观修饰方式之一,当甲基化位于基因启动子区域时,DNA甲基化通常起到抑制基因转录的作用,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达。真核生物中甲基化仅发生于胞嘧啶,胞嘧啶的5号碳位置,引入一个甲基基团,变成了5甲基胞嘧啶(5mC)。 CpG是胞嘧啶(C,Cytosine),磷酸(p,phosphoric acid),鸟嘌呤(G,Guan...
表3:C和CpG位点甲基化和比对 表4:CG、CHG、CHH平均甲基化水平(>1X深度) 图1:样本间全基因组甲基化差异。 样本中CpG甲基化水平相关性。较大的圆形区域和较深的颜色表示高相关性。 聚类树状图。根据欧几里得距离,使用R.Ward.d2的hclust函数对样本进行聚类。选择最小方差方法作为聚类方法 (2)DMR鉴定 图2:DMR...
说明:X 轴表示某染色体上碱基的位置,左Y 轴表示特定染色体碱基位置上 10kb 窗口内不同类型甲基化C 占该类型所有C 的比例(分为 CG、CHG、CHH,H 代表A 或者T),右 Y 轴表示特定染色体碱基位置上 10kb 窗口内甲基化C 的碱基密度(甲基化 C 数目占总碱基数目的比例)。为了区别CHH 与 CHG 曲线,已将 CHH 甲基...