RNA-NGS检测不同融合类型的具有一定的优势，RNA层面检测融合基因中可转录蛋白的外显子，不涉及内含子区域，避免了DNA检测因断点位于内含子区域时，内含子序列长度太长、碱基重复性高，断点位置不集中等问题，减少因探针无法完全覆盖导致的融合基因变异漏检情况，RNA-based NGS使检测融合基因更能反映融合蛋白的产生，结果...
简单来说,DNA-based NGS检测样本质量要求相对较低,应用更广泛,能同时检测多个肿瘤相关基因的多种变异,还能在DNA水平确定基因融合的断点位置和融合伴侣。而RNA-based NGS检测样本要求就比较高了,因为RNA容易降解,所以新鲜组织是首选,它的应用相对局限一些,主要是用于融合的检测。另外,DNA-based NGS检测基因融合的灵敏度...
一项基于DNA-based NGS panel的大样本回顾性研究分析显示,基于DNA-based NGS检测NTRK融合具有81.1%的总体敏感性和99.9%的特异性,证明了DNA-based NGS对NTRK融合进行检测是可行的。相比于RNA-based NGS,DNA-based NGS检测基因融合受捕获探针覆盖度及DNA层面...
2023版《非小细胞肺癌融合基因检测临床实践中国专家共识》強烈推荐基于DNA-NGS适用于检测多个基因的多种已知或未知变异类型,并推荐采用RNA-NGS单独检测,进一步验证。近期中华医学会发布的2024版肺癌临床诊疗指南中提出可对标本进行一次性同步基于RNA与DNA的驱动基因变异检测。 融合基因概述 融合基因(Fusion gene)是指两个...
根据最新的 WHO 分类系统,改良的双组学 DNA/RNA panel 可以同时检测综合诊断所需的诊断性基因变异。使用该 DNA/RNA 双组学 NGS panel,我们开发了一种常规临床测序策略,用于胶质瘤和其他 CNS 肿瘤治疗靶点的综合诊断和鉴定。我们使用定制的panel对 210 例 CNS 肿瘤患者的福尔马林固定和石蜡包埋(FFPE)组织进行了...
2022年 ASCO 会议上以 Poster 形式发布了同时利用 NGS 分别在 DNA 和 RNA 水平的融合检测对比数据。 研究背景 基因融合是基因变异的重要形式,可以导致肿瘤发生和疾病进展。靶标 DNA 测序可以用来检测基因融合,但技术和分析层面的挑战可能会产生假...
这项多中心、回顾性队列研究纳入了Tempus多模态数据库中5,570名患者,这些患者在2021年2月-2023年10月期间接受了基于组织的DNA-NGS和全转录组RNA-NGS检测;该数据库由链接的分子和临床数据组成,包含来自不同地域的肿瘤诊疗机构的纵向去标识化数据。该研究参与者为晚期(IIIb-IV期)肺腺癌患者,具有足够的实体瘤组织样本...
DNA和RNA用于融合基因检测的生物学原理 融合基因检测相关的基因序列特点 在DNA水平上,融合断点位置通常发生在较长的内含子区域,且融合的断裂点不同患者可能不同,故用传统的PCR直接扩增断裂点是不易实现的,采用NGS的方法设计探针去抓取断裂点是一种可行的检测方法,但从DNA水平检测融合基因不可避免存在如下局限性和挑战...
DNA和RNA用于融合基因检测的生物学原理 融合基因检测相关的基因序列特点 在DNA水平上，融合断点位置通常发生在较长的内含子区域，且融合的断裂点不同患者可能不同，故用传统的PCR直接扩增断裂点是不易实现的，采用NGS的方法设计探针去抓取断裂点是一种可行的检测方法，但从DNA水平检测融合基因不可避免存在如下局限性和...
NGS必备之DNA片段化在NGS实验中,长片段DNA文库构建的第一步就是将DNA随机打断成符合各测序平台读长的片段,目前DNA打断的最主要的方法是机械法(最常见的是超声打断法)和酶切法。 1、酶切打断 酶切法打断是利用…