1）“看看配体相对于受体是如何运动的”：我不太理解。。但输出rmsd可以这样写cpptraj的命令：parm complex_solvated.prmtop trajin complex_md1.mdcrd rms backbone :1-71@CA,C,N out bb_rms.txt # 假设1-71为蛋白 rms lig :72-78 nofit out lig_rms.tx
一、计算RMSD 1.在终端中输入cpptraj启动CPPTRAJ: 2.读入拓扑及轨迹文件: > parm trpzip2.ff10.mbondi.parm7 > trajin trpzip2.gb.nc 3.指定RMSD的计算对象: > rms ToFirst :1-13&!@H= first out rmsd1.agr mass 如上述指令, 我们计算了残基1-13中所有非氢原子的质量加权后的RMSD, 保存在名为To...
1.分析RMSD 均方根偏差(RMSD)的值衡量了结构内部原子的坐标相对于某些参考分子坐标的相似程度. 如测量内部原子坐标相对于最小化结构的变化. (1)使用gedit创建一个名为rmsd.cpptraj的cpptraj脚本 例子: trajin 02_Heat.mdcrd trajin 03_Prod.mdcrd
importpytrajaspttraj=pt.iterload("data.nc","top.parm7")pt.rmsd(traj,mask='@CA',ref=0)pt.dssp(traj,mask=':2-16')pt.pca(traj,mask='!@H=',n_vecs=2) check our website: [http://amber-md.github.io/pytraj] (http://amber-md.github.io/pytraj) ...
Test_Cluster_SymmRMSD Test_Cluster_TrajWrites Test_CmdLine Test_CombineCrd Test_CompareEnergy Test_CompareTop Test_Contacts Test_Control Test_Corr Test_Cphstats Test_Crank_Stat Test_CreateCrd Test_CreateReservoir Test_CrossCorr Test_CurveFit Test_DRMSD Test_DSSP Test_DataSetAverage Test_DataSetCmd ...
聚类/团簇是指将部分具有相似性的数据点从其他数据中区分出来的一个集合。在分子模拟的背景下,这意味着将相似的构象分组在一起。其间的相似性由一个距离标准来度量——距离越小,结构越相似。 一种常用的距离度量便是基于坐标的RMSD。 值得注意的是,并没有一种所谓“正确”的方法来进行团簇分析。有许多不同的...