注意运行run_snp.sh的时候所在目录即为输出文件目录，最好新建一个文件夹再把run_snp.sh转移到该文件夹后再运行。 第三步 核心SNP聚类，去掉基因重组后用snp-sites进行核心SNP分析，最后用Fasttree作树。输出的newick文件就可以拿去绘制进化树了，每个基因组的SNP VCF文件保存在该文件名的文件夹中。
第一步 snippy-multi 文件名及路径.txt --reference 参考基因组.gbk --cpus 8 > run_snp.sh 第一步运行完会提示共有多少个基因组参与SNP分析,注意检查。 第二步 就是直接运行第一步输出的.sh文件: nohup sh ./run_snp.sh & 注意运行run_snp.sh的时候所在目录即为输出文件目录,最好新建一个文件夹再把...
不同物种 HCN1 蛋白进化距离分析结果显示,人与黑猩猩的遗传距离最小,为 0.019;与热带爪蟾的进化关系最远,遗传距离为 0.182(表1)。人 HCN1 蛋白在哺乳动物的同源蛋白相似度比较中均>90%,可见该蛋白序列保守性较高。 图1 不同物种 HCN1 蛋白系统进化树 Figure1. The phylogenefic tree of HCN1 proteins in...