# 激活环境conda activate rna# 安装 fastqc 软件condainstallfastqc# 调出帮助文档fastqc--help# 可以指定软件版本condainstall-ysamtools=1.14# 可以一次安装多个软件condainstall-ypython=3.7libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galorecutadapt=4hisat2 subread multiqcsamtools=1.16.1salmon=1.4.0 fastp fastqc# mamba install ...
后来尝试安装trim-galore包时,提示需要cutadapt包,搜索发现其官网中提到: If you are on macOS and your machine uses an M1/M2 processor (Apple Silicon), you may need to run this command instead:CONDA_SUBDIR=osx-64 conda create -n cutadapt cutadapt Installation - Cutadapt 4.9 documentation 继续搜索...
conda install -y bowtie bowtie2 conda install -y trim-galore 软件安装在默认目录下xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq/bin 安装R包 这里先不安装。 查看软件是否安装成功 输入软件名查看help,有帮助命令即安装成功。 2. 下载原始数据 这里使用的数据来自文章:Polycomb associates genome-wide with a specific...
最近有学员使用我们的共享服务器,在里面安装好了conda之后,很简单的管理一个软件却遇到了报错,命令如下所示 : conda install -y -c bioconda trim-galore...学员非常肯定他是设置好了镜像: conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda...config --add channels ...
我使用的安装代码是 nohup conda install -y sra-tools subread hisat2 multiqc trim-galore & 第一次安装失败,报错: failed UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with the existing python installation in your environment: ...
Conda的安装与使用 在服务器上使用Linux命令行安装Conda(Conda可以理解类似于应用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安装软件,或者在conda之外安装),使用conda管理小环境和使用conda管理软件,用conda来安装和管理生信软件以及环境比较方便。 conda的安装 ...
##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon ...
安装列表 bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools 安装方法 参考上面conda安装，这里直接push代码，就当回顾一下~安装每一个软件和调取帮助文档 安装成功出现三个done + 成功调取这个软件的帮助文档=软件安装成功 问题是我怎么知道出来的帮助文档是对的，而不...
安装软件 第一步:先从bioconda镜像查看软件名具体是什么?一个字母都不能错 第二步:conda install 软件名 第三步:成功调取软件帮助文档==确定安装成功 这里有点类似R包的安装,装后需要library()一下,才能确认安装成功 安装方法:conda install -y sra-tools trim-galore ...
conda install -y trim-galore # python-3.7.9 | 57.3 MB, openjdk-10.0.2 | 189.2 MB conda install -y star hisat2 bowtie2# 没有其它依赖 conda install -y subread bedtools deeptools conda install -y salmon conda install -y -c bioconda suppa ...