Conda 安装 RUN conda install -y -q -c bioconda r-pheatmap RUN mamba install -y -q -c conda-forge matplotlib...# 使用mamba 加速下载 使用pip 安装Python包 RUN pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple scanpy #...使用清华镜像加速 使用Install.packages 安装R包 RUN R -e '...
参见:https://cloud.tencent.com/developer/article/1657000 https://zhuanlan.zhihu.com/p/164507492 https://rstudio.github.io/reticulate/index.html 虽然作为数据分析从业者,R 和python二者择其一已足以闯天下。 但毕竟天下武功百般,有的时候你使用的工具,或者是你处理的对象使用其他编程语言处理的,你又该怎么...
conda install -y -c anaconda cytoolz conda install -y scanpy pip install pyscenic 每个软件都可以独立给一个环境,虽然是这样会导致很多冗余的软件,不过,确实很方便。 如果是一个ngs流程它里面有十几款软件,而且经过了测试后,我们也会把它存放在同一个环境,比如RNA-seq数据处理环境, 代码如下: conda create ...
os.chdir("/scenicdata")importloompyaslp;importnumpyasnp;importscanpyassc; x=sc.read_csv("fibo_1000.csv"); row_attrs = {"Gene": np.array(x.var_names),}; col_attrs = {"CellID": np.array(x.obs_names)}; lp.create("sample.loom",x.X.transpose(),row_attrs,col_attrs); 这个代码就...
importscanpyassc; x=sc.read_csv("fibo_1000.csv"); row_attrs = {"Gene": np.array(x.var_names),}; col_attrs = {"CellID": np.array(x.obs_names)}; lp.create("sample.loom",x.X.transpose(),row_attrs,col_attrs); 这个代码就会把我 服务器的/home/x10/test/pyscenic/文件夹里面的 fib...
chdir("/scenicdata" ) import loompy as lp; import numpy as np; import scanpy as sc; x=sc.read_csv("fibo_1000.csv"); row_attrs = {"Gene": np.array(x.var_names),}; col_attrs = {"CellID": np.array(x.obs_names)}; lp.create("sample.loom",x.X.transpose(),row_attrs,col_...
conda install -y scanpy pip install pyscenic 每个软件都可以独立给一个环境,虽然是这样会导致很多冗余的软件,不过,确实很方便。 如果是一个ngs流程它里面有十几款软件,而且经过了测试后,我们也会把它存放在同一个环境,比如RNA-seq数据处理环境, 代码如下: ...
importscanpyassc; x=sc.read_csv("fibo_1000.csv"); row_attrs = {"Gene": np.array(x.var_names),}; col_attrs = {"CellID": np.array(x.obs_names)}; lp.create("sample.loom",x.X.transpose(),row_attrs,col_attrs); 这个代码就会把我 服务器的/home/x10/test/pyscenic/文件夹里面的 fib...
无法使用conda install或pip安装scanpy包 使用apt install在Conda中安装包 使用pod install安装pod时出错 使用pip install安装gensim时出错 尝试使用conda安装unrar时的PackagesNotFoundError 安装语言时出错-使用pip install检查 使用conda安装seaborn时出现语法错误 ...
conda install-y scanpy pip install pyscenic 每个软件都可以独立给一个环境,虽然是这样会导致很多冗余的软件,不过,确实很方便。 如果是一个ngs流程它里面有十几款软件,而且经过了测试后,我们也会把它存放在同一个环境,比如RNA-seq数据处理环境, 代码如下: ...