功能:circBank对circBase数据库中人类的环状RNA数据加以整理,根据序列信息进行了蛋白编码潜能,miRNA相互作用预测分析,并将所有结果整理成了在线数据库,方便检索和浏览,在circBank数据库中有三种搜索方式:简单快速搜索,通过circRNA信息搜索和通过miRNA信息搜索。用户可以直接在circBank数据库的主页中搜索circRNA,通过该数据库可...
1. CircInteractome 网址:https://circinteractome.irp.nia.nih.gov/ 简介:预测了已知的上百个 RNA 结合蛋白(RBPs)数据集与 circBase 中的 circRNA 的结合位点,并利用Targetscan 软件预测了 miRNAs(miRBase…
使用频率较高的circRNA数据库之一。收集物种包括人类(hg19)、小鼠(mm9)、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇(dm3)等。提供三种在线查询比对方式,也可下载所需物种的全部circRNA列表和序列信息。 数据库链接:http://www.circbase.org/ 2.CircFunBase 一个综合功能性circRNA数据库,优势在于通过文献收集了有关circRNA的功能信息...
MiOncoCirc数据库是首个以临床肿瘤样本为基础的circRNA数据库,包含了2000多个临床肿瘤样本中的circRNA表达信息,收集了丰富的原位癌、转移癌及一些罕见癌症类型的circRNA表达数据。 由于其中的circRNA数据来源于临床肿瘤样本,因此能够更好地表征与癌症相关的真实的circRNA特征。 Cancer-Specific CircRNA Database(CSCD)数据库 ...
今天为大家安利针对circRNA研究14大数据库,从基础研究到临床样本,涉及肿瘤和非肿瘤疾病数据,全方位武装头脑,让你对circRNA了如指掌! 1、TSCD数据库 TSCD数据库,全名Tissue-SpecificCircRNA Database,组织特异性的circRNA数据库,数据库特点为“组织特异性”,数据库网址为http://gb. whu. edu. cn/TSCD/。该数据库提...
circRNAdb是一个人类环状RNA的数据库,只收录了由exon反向剪切后形成的环状RNA,示意图如下 该数据库中收录的circRNA其头尾都对应线性环状RNA上的exon,网址如下 http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb/circRNADb.php 最新版的数据库中共收录了32914个circRNA, 不仅提供了染色体位置,序列等基本信息,还提供了蛋白编码潜能...
简介:Circ2Traits收集可能与疾病和性状相关环状RNA的综合数据库,该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系,构建了相互作用网络, 并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析;此外,将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上,并鉴定了环状RNAs上的Ago...
功能:这个数据库比较好的一点是集大成之预测了已知的RNA结合蛋白数据集还有风风提到的circbase中的circRNA的结合位点。同时兼容并蓄地利用可以预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点,这就是和我们36策学习得能够对应上了,方便新手入门。在功能方面,除了前面提到的miRNA,还可以预测下游的蛋白结合的可能情况,可进行circRNA分...
该数据库的使用方法及作用 通过Circular RNA模块,我们可以根据circRNA或者基因名进行搜索,在GeneSymbol后面的对话框中输入基因名,然后单击circRNA Search,就能检索到这个基因来源的各个circRNA,基因组的位置、长度等。 通过RBP on CircRNA模块,我们可以输入RBP或者circRNA的名字,比如RBP...
(http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php) 首个汇总编码蛋白环状 RNA 的数据库, 共收录了 32,914 个带注释的人类外显子 circRNA, 是一个完整的人类环状 RNA 分子数据库, 每条记录包含详细的基因组信息、 RNA 编辑情况、 IRES 序列元件、 预测的 ORF 等信息, 可以作为大规模研究人类 circRNA 的...