使用Homer进行motif分析需要先安装下载对应的基因组,安装基因组需要用到configureHomer.pl。 如果是conda安装的homer,该脚本位于~/anaconda3/pkgs/homer-***/bin文件夹下,可使用which homer进行查找。使用的参考基因组是人的hg38版本: perl configureHomer.pl -install hg38 findMotifsGenome.pl命令用于在基因组区域中...
K562, SK-N-SH, GM12878 and ECC-1 Cell Lines》的附件2中的MCF7的FOXM1 ChIP-seq结果,复现文章中Figure 1B的MCF7细胞系motif分析结果,其余结果仅仅是换一个输入文件即可。
现在文件“mycMel_rep1.fa”包含适合 MEME-ChIP 中 Motif 分析的峰几何中心周围的序列。 在您自己的工作中,您通常会在本地安装了 MEME 的笔记本电脑上运行它,但今天我们会将生成的 FASTA 文件上传到他们的门户网站[1]。按照此处[2]的说明在本地安装 MEME。可以在此处[3]找到 MEME-ChIP 的结果文件 3.5. 结...
Motif中文翻译为“基序”,本质是一个基于数据的数学统计模型,用来描述一类特征序列集合 (如分析转录因子的潜在结合位点) 的碱基频率特点。所以,通过Motif可以明确两点信息:Motif指代一群序列,一般认为这些序列拥有生物学功能的保守性,即潜在的特异性结合位点或者涉及特定生物学过程的共性序列,并且描绘了这群序列的碱基频率...
现在文件“mycMel_rep1.fa”包含适合 MEME-ChIP 中 Motif 分析的峰几何中心周围的序列。 在您自己的工作中,您通常会在本地安装了 MEME 的笔记本电脑上运行它,但今天我们会将生成的 FASTA 文件上传到他们的门户网站。按照此处的说明在本地安装 MEME。可以在此处找到 MEME-ChIP 的结果文件 ...
Motif分析研究了peaks或特定表观基因组区域(如增强子位点)中的特异性序列,并预测鉴定区域内可能的转录因子结合位点。一般来说,motif分析方法可以分为两种类型: de novo motif discovery,用于鉴定出现在大部分peaks中未知因子的潜在新结合motif; ② motif scanning,用于预测和排列提供的DNA序列与数据库中所有已知motif的相...
Motif(基序)分析:在ChIP-seq数据分析中,motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析,我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了解,那么什么是motif呢?蛋白质发挥功能的基本单元是domain,是一种特殊的三维结构,不同结构的domain与其他分子特异结合从而发挥功能。与此类似,转录因子在与DNA序列结合时,其结合位点...
Motif分析研究了peaks或特定表观基因组区域(如增强子位点)中的特异性序列,并预测鉴定区域内可能的转录因子结合位点。一般来说,motif分析方法可以分为两种类型: de novo motif discovery,用于鉴定出现在大部分peaks中未知因子的潜在新结合motif; ② motif scanning,用于预测和排列提供的DNA序列与数据库中所有已知motif的相...
Homer是一种常用的Motif分析软件，其功能强大且易于操作。Motif分析的输入数据通常是经过MACS2进行peak调用后的bed文件，也可以是研究者自己整理的感兴趣区域bed文件。narrawPeak文件是ChIP-seq流程中一种特定格式的peak文件，展示了蛋白质与DNA结合的精确位置。为了使用Homer进行Motif分析，需要先安装和下载...
motif是比较有特征的短序列,会多次出现的,一般认为它的生物学意义重大,做完CHIP-seq分析之后,一般都会寻找motif 。查找有两种,一种是de novo的,要求的输入文件的fasta序列,一般是根据peak的区域的坐标提取好序列 。另一种是依赖于数据库的搜寻匹配,很多课题组会将现有的ChIP-seq数据进行整合,提供更全面,更准确的mot...