ChIP是一项比较流行的研究转录因子（ transcription factor,TF）与启动子（promoter）相互结合的实验技术。...
若前期未进行seq实验,也可利用一些ChIP数据库(如Cistrome DB)查看其他学者是否有进行对应蛋白的ChIP实验,利用别人的结果进行验证(3)。此外,若研究的物种为一些常规物种(如人、鼠),也可利用Jaspar这类转录因子结合位点收纳数据库寻找到转录因子的结合位点,随后在感兴趣的靶基因序列中寻找是否有对应结合区域(4)。 悄悄...
ChIP技术利用抗体特异性富集与特定转录因子/组蛋白修饰结合的DNA片段;qPCR技术使用SYBR荧光染料,非特异性的掺入DNA双链,发射荧光,保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步,最后利用Ct值进行定量分析。ChIP-qPCR能够专一,灵敏,快速,高重复地定量生物样品中特定转录因子/组蛋白修饰与已知基因启动子的结合。
一、转录因子结合位点预测: 我们一般拿到一个转录因子,我们就想知道它的下游基因是什么,与下游基因结合的位置在哪里;这些我们都是可以通过已有的数据库进行预测的。 首先我是在GEO数据库检索,想知道是否有人做了我这个转录因子的ChIP-seq,如下操作: 第一...
ChIP-qPCR完美结合了ChIP技术和实时定量PCR技术。ChIP技术利用抗体特异性富集与特定转录因子/组蛋白修饰结合的DNA片段;qPCR技术使用SYBR荧光染料,非特异性的掺入DNA双链,发射荧光,保证荧光信号的增加与PCR产物的增加完全同步,最后利用Ct值进行定量分析。ChIP-qPCR能够专一,灵敏,快速,高重复地定量生物样品中特定转录因子/...
验证转录因子结合位点的功能:通过ChIP-qPCR分析不同转录因子结合位点的富集程度,可以确定这些结合位点在基因调控中的功能重要性。 研究疾病相关基因的调控:ChIP-qPCR可以用于研究疾病相关基因的调控机制,例如确定转录因子与致病突变基因的结合情况,了解其对基因表达的影响。
今天我们来聊聊染色质免疫共沉淀技术(ChIP),这是一种在体内研究蛋白质和DNA相互作用的重要方法!🧬🔬 ChIP技术可以帮助我们了解细胞核中特定区域有哪些组蛋白修饰或转录因子的结合,是研究蛋白-DNA互作的关键手段。在完成ChIP-seq分析后,我们通常会找到一些特别感兴趣的靶基因。🎯 为了进一步确认这些靶基因与转录因子...
ChIP-qPCR完美结合了ChIP技术和实时定量PCR技术。ChIP技术利用抗体特异性富集与特定转录因子结合的DNA片段。ChIP-qPCR技术实现了在靶基因的启动子上找到转录因子结合的直接证据,是细胞内真实的、原位的结果,同时可以比较转录因子与不同位点的结合能力,相对于EMSA、luciferase报告载体等体外实验验证更具说服力。
特定转录因子与已知启动子区域的结合(DirectChIP);在已知启动子的大片段范围内寻找特定转录因子的结合位点(ChIP-Scaning);在基因组范围内搜寻特定转录因子;结合的所有启动子片断(ChIP-on-Chip);组蛋白乙酰化、甲基化、磷酸化水平检测。 服务优势: ★在靶基因的启动子上找到转录因子结合的直接证据,是细胞内真实的、原...
因此，ChIP实验的原理是利用抗体与组蛋白的特异性结合，实现染色质的沉淀，最终通过PCR等方法检测特定DNA片段的特性。ChIP实验特别适用于研究转录因子（transcription factor, TF）与启动子（promoter）之间的相互作用，其优势在于能够在活细胞状态下真实反映TF与Promoter的结合情况。与体外研究相比，ChIP实验能更...