而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位点反而检测不出来了。因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器...
常用的DNA的鉴定方法是半定量PCR和Real-time PCR。由于启动子区域的序列具有多样性的特点,所以不同的细胞系或不同的动物品系的同一基因的启动子序列有可能不同。而且启动子区域多富含CG的序列,其PCR条件可能需要相应调整。有条件可设计不止一对引物来反复验证ChIP实验的结果(图2)。 5、ChIP技术的应用 染色质免疫沉...
1、ChIP检测的是转录因子与基因启动子区的结合情况，因此引物设计要选择目的基因启动子区，ChIP试验中启动...
阴性对照和Input)免疫共沉淀后纯化出的DNA片段进行PCR或qPCR进行验证,高重复地半定量或定 量生物样品中特定转录因子/组蛋白修饰与已知基因启动子的结合。 蛋白-蛋白互做研究蛋白质谱检测iTRAQ服务靶向蛋白绝对定量 样品要求 提供包含目标基因的表达质粒(提供测序图谱)或基因的名称、序列; ...
康成生物提供ChIP-qPCR服务,能够检测特定转录因子/组蛋白修饰与已知基因启动子区域的结合;在已知启动子范围内寻找特定转录因子/组蛋白修饰的结合位点。 ChIP-qPCR完美结合了ChIP技术和实时定量PCR技术。ChIP技术利用抗体特异性富集与特定转录因子/组蛋白修饰结合的DNA片段;qPCR技术使用SYBR荧光染料,非特异性的掺入DNA双链...
-PCR是用来研究chip的这个转录因子和预测的某个基因的启动子是存在结合,集合的区域是哪一段。首先根据预测基因ORF区域上游2000-3000bp范围分段设计引物,一般每300bp设计一套,共合成8-10套引物。将每个样本chip以后的Input;IgG;IP三个样本分别用十个引物进行半定量PCR的筛选,如果IP组的样本某套引物能P出条带,说明...
确定特定转录因子与基因启动子的结合:ChIP-qPCR可以用于验证特定转录因子与目标基因启动子的结合,从而确定转录因子对该基因的调控作用。 研究表观遗传修饰和染色质状态:ChIP-qPCR可以用于分析特定表观遗传修饰标记(如组蛋白修饰)与染色质区域的结合情况,揭示染色质状态和基因表达调...
因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件...
1、ChIP检测的是转录因子与基因启动子区的结合情况,因此引物设计要选择目的基因启动子区 ,ChIP试验中启动子区一般选在转录起始位点上游1000bp的DNA片段(或者为了保险些选在2000bp) ,因为一般情况下,转录因子结合在这个区域,当然也有结合在更上游,或者有的文献报道在转录起 ...