因为ChIP-qPCR使用的模板就是来自genomic DNA,是很多“碎小”的原始基因组DNA,最常见是基因的启动子区域或者转录起始位点TSS上下游的2kb左右的区域(可能会包含外显子区域),所以这时候使用在线qPCR引物设计软件或是仪器自带引物设计软件的时候,一定要清晰的明确这一点,要把这个模板区域的序列信息“告知”仪器或是软件,...
[3]Ionas Erb, Juan R. González-Vallinas, Giovanni Bussotti, Enrique Blanco, Eduardo Eyras and Cédric Notredame. Use of ChIP-Seq data for the design of a multiple promoter-alignment method. Nucl. Acids Res. (2012) doi: 10.1093/nar/gkr1292 [4]Yiwen Chen, Clifford A Meyer, Tao Liu, ...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
是将染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序相结合的表观遗传研究技术,能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。 ChIP-seq Assay Kit for Histone Methylation(Laboratorytalk,2016) 我们的优势 1.定制化分析策略:根据不...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。
ChIP-Seq测序与分析是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA 片段进行高通量测序,通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶...
Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。Chip分析是一种鉴别蛋白结合已知启动子上DNA结合位点的有效方法,但若与高通量测序结全进而在全基因组水平上鉴别白质结合位点,会更显示威力。
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ■简单验证; ■转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能;...