而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。 基本上这就是ChIP-seq的全部流程,...
易基因|DNA-蛋白质互作的检测技术及ChIP-seq实验关键 | 易讲堂 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 蛋白质-DNA互作是基因转录调控的关键,也是启动基因转录的前提。蛋白质与DNA互作主要包括组蛋白、转录因子、DNA甲基化酶… 深圳市易基因科技 整篇文章只用了空间蛋白质组学就发了领域内...
问题一:ChIP-seq从样本准备到拿到测序结果整体流程是怎样的? 使用甲醛固定细胞,将DNA与蛋白质交联;裂解细胞、分离染色质,通过超声或酶处理将染色质随机切割;然后利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来;解...
图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就是read的序列;第三行一般是一个+号,或者与第一行的信息相同;第四行是碱基...
1️⃣概念: ✅ChIP指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP) ✅seq 指的是二代测序 ✅ChIP-seq实际上也就是染色质免疫共沉淀+二代测序的一个过程。 2️⃣作用: ✅ChIP用来确定蛋白质与DNA相互作用情况,所以目前的ChIP-Seq 研究主要包括两大类应用——TF ChIP 和Histone ChIP ✅...
首先建一个DNA片段的测序文库，再通过测序平台进行高通量测序。测序后，将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说，测序的原始读取首先通过Fastqc（www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/）或Fastx-toolkit（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/）进行质量控制，以去除接头和其它污染序列，...
染色质免疫沉淀-测序(Chip-sequencing,简称 Chip-seq)用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀(Chip)和高通量 DNA 测序,旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点,从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前,Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。
ChIP-seq,测序方法 ChIP指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP), seq指的是二代测序方法 作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况 原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序 应用:常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究 二、测序原理 1、使用甲醛将目标蛋白(组蛋白,转录因子等)与染色质交联固定起来 ...