染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因...
ChIP-seq将DNA上的组蛋白修饰/蛋白结合区域富集后进行测序，因此组蛋白修饰/蛋白结合区域，IP文库所覆盖...
但是ChIP-seq也存在一定局限性,很多原因都会影响ChIPseq测序结果:比如免疫共沉淀中抗体的特异性、细胞类型、起始样本量;再比如测序深度:对于转录因子最小5-10M,对于组蛋白修饰宽谱图则更高,标准为20-40M,随着测序深度增加,组蛋白修饰检测比例也会增加,最后达到平稳,测序深度饱和点取决于组蛋白修饰和所研究的物种基因...
chip-seq是染色质免疫共沉淀-测序, 被用于分析蛋白质与DNA的交互作用,该技术将染色质免疫沉淀(ChIP)与大规模并行DNA测序结合起来以鉴定与DNA相关蛋白的结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点, 如下图是chip-seq的一般实验流程 教程 大纲 测序数据的预处理 比对(mapping)到基因组 比对上...
高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04 ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的寻找与转录因子结合的启动子之外,还...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
横向代表基因组坐标,纵向代表ChIP-seq的信号强度, 伙伴们在文章中可能看到过有的峰图不只是向上的,还有向下的,水平线上方的峰代表正方向的,下方的代表互补链,有的一上一下有些错位, 是测序造成的。 转录因子的结合和组蛋白修饰,二者的峰形差异很明显:转录因子结合的特征峰,峰型高,而且窄;而组蛋白修饰结合的特...
染色质免疫沉淀-测序(Chip-sequencing,简称 Chip-seq)用于分析蛋白质与 DNA 的交互作用。此技术结合了染色质免疫沉淀(Chip)和高通量 DNA 测序,旨在鉴定与 DNA 结合的蛋白质位点,从而精确绘制全基因组上目标蛋白的结合区域。在 Chip-seq 出现之前,Chip-on-chip 技术是研究蛋白质-DNA 相互作用的常用方法。