ChIP实验建库完成,就需要进行测序了,那么测序选择什么策略及平台可以根据实际情况进行选择,这里我们就不再进行赘述。 建库后,测序量的要求是怎么评估的呢? 是越多越好?钱多的可以考虑啊,大部分基于经费考量,我们测够数据量就行,至于最低标准,我们来看看ENCODE上怎么说。 目前ENCODE计划上,已经公布了很多人、鼠的...
这个时候选择trim_galore软件进行过滤,过滤条件:测序得到的原始序列含有接头序列或低质量序列,为了保证信息分析的准确性, 需要对原始数据进行质量控制,得到高质量序列(即Clean Reads),原始序列质量控制的标准为: ①去除含接头的reads; ②过滤去除低质量值数据,确保数据质量; ③去除含有N(无法确定碱基信息)的比例大于5%...
Amplifiable Fragments(可扩增的片段):转座酶在开放染色质区域插入接头后,这些区域的DNA片段被剪切并连接上测序接头,从而形成可供扩增和测序的片段。 Amplify and Sequence(扩增和测序):这些带有测序接头的DNA片段被扩增,并进行高通量测序。通过测序数据可以分析染色质开放区域,进而推断基因调控区域和活性。 简言之,这个...
整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
最后, ChIP测序数据分析时更离不开input,input是寻找结合峰(也就是Peak Calling)的定盘星。在ChIP测序分析中,我们将input和IP的reads平均覆盖深度做归一化处理,采取input的reads作为背景,使用MACS软件对比input和IP的reads的归一化平均覆盖深度(normalized...
【生信技能树】全外显子测序数据分析重制课程-1-15 Apollo_胸外 57470 04:43 什么是DAP-seq 吃饱喝足飒 1340 step4_bam转化为bw在igv中可视化 不吃糖的康康 46921 11:36 ChIP-seq analysis SZ-ZS 12400 51:17 ChIPseq和DAPseq报告解读 vivxiang ...
比较:估计ChIP peak数据集中重叠部分的显著性;整合GEO数据集,以便于将当前结果和已知结果比较。 peak的覆盖情况;TSS区域结合的peak的平均表达谱和热图;基因组注释;TSS距离;peak和基因的重叠。 download packages source ("https://bioconductor.org/biocLite.R") ...
ChIP-seq高通量测序数据分析系统是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2018SR155355,属于分类,想要查询更多关于ChIP-seq高通量测序数据分析系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
这一步跟自学其它高通量测序数据处理一样,就是仔细研读paper,在里面找到作者把原始测序数据放在了哪个公共数据库里面,一般是NCBI的GEO,SRA,本文也不例外,然后解析样本数,找到下载链接规律## step1 : download raw data cd ~ mkdir CHIPseq_test && cd CHIPseq_test mkdir rawData && cd rawData ## batch ...
NGSCheckMate是一个软件包,用于识别同一个人的下一代测序(NGS)数据文件。 它分析了各种类型的NGS数据文件,包括(但不限于)全基因组测序(WGS),全外显子组测序(WES),RNA-seq,ChIP-seq和各种深度的靶向测序。 数据类型可以混合(例如WES和RNA-seq,或RNA-seq和ChIP-seq)。 它以BAM(与基因组对齐的读数),VCF(变体...