cd-hit可以从其官方网站或生物信息学软件仓库(如GitHub、Bioconda等)下载。安装过程通常涉及解压下载的文件并按照安装说明进行配置。由于安装步骤可能因操作系统而异,这里不具体展开。 4. 运行cd-hit软件,并设置适当的去冗余参数 运行cd-hit时,你需要指定输入文件、输出文件以及序列相似性的阈值(通常以百分比表示)。例...
1. 安装 #软件包下载(https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/): wget https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/refs/tags/V4.8.1.tar.gz #解压文件 tar xvf V4.8.1.tar.gz #进入文件夹,然后编辑 cd cdhit-4.8.1/ make 2. 去除冗余序列——蛋白质序列 ./cd-hit -i seq.fas...
CD-HIT基因聚类、去冗余是一种用于蛋白质或核苷酸序列的聚类和比较软件,它可以利用贪婪算法和word过滤方法来快速、准确地找出相似性超过设定阈值的序列,并输出代表性序列和聚类信息。它在宏基因组分析中可以用于减少数据集复杂性、注释和发现微生物群落中的功能基因和蛋白质。 2、原理 CD-HIT是一种常用的聚类软件,广...
如何运用“生物信息学”研究某个蛋白?——去除相似度高的蛋白序列+MEGA构建进化树双系统安装Linux系统安装cd-hit去除相似度高的蛋白序列MEGA构建进化树, 视频播放量 6481、弹幕量 9、点赞数 145、投硬币枚数 67、收藏人数 288、转发人数 53, 视频作者 I_am_Becky, 作者简介
cd-hit聚类算法 通常来说,根据序列相似度对序列进行聚类,首先想到的可能是通过计算两两序列之间的相似度对序列进行聚类,这样需要进行all by all的比较,相对来说比较费时,而 cd-hit 软件可以避开all by all比较的问题,大大缩短了运行时间。 cd-hit 是一种贪婪的增量聚类方法,首先对输入的序列根据序列的长短进行排...
cd-hit软件 该软件可以对序列进行聚类,以此来达到缩减数据集的目的。软件基本原理是先对输出的fasta文件中所有序列进行排序,以最长的序列为代表序列,考查其他序列与该序列的相似程度,在阈值范围内的序列会归为一类。该软件最大的特点是运行速度快,比如使用90%相似度阈值对NCBI网站中nr数据库(2006.02)进行过滤,该数据...
cd-hit 是一款用于将蛋白、核酸序列快速聚类的工具。由于宏基因组样品中可能包含相似物种,拼接结果中可能会存在一部分冗余序列,导致预测出来的基因包含冗余部分,可以通过聚类进行去冗余。 通常去冗余采用的聚类算法根据序列相似度对序列进行聚类,需要进行 all by all 的比较,例如 orthoMCL,不过这种方法非常耗时。而 cd...
最近一篇NG中使用到的软件,用来去除冗余的contigs,现简单记录。 CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件,其主要的特定就是快!(ps:不是所有快的都是好的) 其去除冗余序列的大概思路就是: 首先对所有序列长度进行排序,从最长的开始,形成一个序列类,然后依次对序列进行处理,如果下一条序列和代表的序列相似性在cutoff,则将...
在国家微生物科学数据中心云平台上使用CD-hit: 如在使用分析工具的过程中有任何相关问题请联系网站下方服务邮箱、QQ或电话咨询。服务邮箱:nmdc@im.ac.cn;服务QQ: 3415782117; 联系电话:010-64806052。 下期预告 微课堂:Prodigal——国家微生物科学数据中心云工具,敬请关注。
Cd-hit下载网址为https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/V4.6.2.tar.gz,需要在linux系统下操作。解压压缩包后进入软件本体路径,直接输入命令:make,进行编译即可。 2. 输入文件 Cd-hit的输入文件仅有一个fasta格式文件 ,一般来说cd-hit是将几个样品的基因或蛋白序列进行聚类,所以需要将这些样品的序列汇总...