#软件包下载(https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/): wget https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/refs/tags/V4.8.1.tar.gz #解压文件 tar xvf V4.8.1.tar.gz #进入文件夹,然后编辑 cd cdhit-4.8.1/ make #为cd-hit文件赋予执行权限 chmod +x ./cd-hit 1.2 添加到环境变量 **总结...
comparing sequences from 0 to 193：该部分表明，CD-HIT将逐个比对输入文件中的193条序列。93条输入序列的比对已全部完成，共聚成了177个簇。其他、软件基本思路详解 首先，系统会对所有输入序列按照其长度进行排序。随后，从最长的序列开始，逐步形成各个序列类。在处理新序列时，若该序列与已有序列类的代表序列相似...
CD-hit(http://weizhong-lab.ucsd.edu/cd-hit/)一种序列聚类软件,用于去除冗余序列,安装及使用方法如下: 1. 安装 #软件包下载(https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/): wget https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/refs/tags/V4.8.1.tar.gz #解压文件 tar xvf V4.8.1.tar.gz ...
CD-HIT(http://weizhongli-lab.org/cd-hit/)是一个广泛使用的蛋白或核酸序列比较聚类工具,其将所有序列按照参数设定进行聚类,并将每一组聚类中的最长序列作为代表序列进行输出,同时给出每组聚类下的每个序列名可供相似度分析使用。CD-HIT的基本思路是首先对所有序列按照其长度进行排序,然后从最长的序列开始,形成第...
CD-HIT基因聚类、去冗余是一种用于蛋白质或核苷酸序列的聚类和比较软件,它可以利用贪婪算法和word过滤方法来快速、准确地找出相似性超过设定阈值的序列,并输出代表性序列和聚类信息。它在宏基因组分析中可以用于减少数据集复杂性、注释和发现微生物群落中的功能基因和蛋白质。
在国家微生物科学数据中心云平台上使用CD-hit: 如在使用分析工具的过程中有任何相关问题请联系网站下方服务邮箱、QQ或电话咨询。服务邮箱:nmdc@im.ac.cn;服务QQ: 3415782117; 联系电话:010-64806052。 下期预告 微课堂:Prodigal——国家微生物科学数据中心云工具,敬请关注。
cd-hit 是一款用于将蛋白、核酸序列快速聚类的工具。由于宏基因组样品中可能包含相似物种,拼接结果中可能会存在一部分冗余序列,导致预测出来的基因包含冗余部分,可以通过聚类进行去冗余。 通常去冗余采用的聚类算法根据序列相似度对序列进行聚类,需要进行 all by all 的比较,例如 orthoMCL,不过这种方法非常耗时。而 cd...
最近一篇NG中使用到的软件,用来去除冗余的contigs,现简单记录。 CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件,其主要的特定就是快!(ps:不是所有快的都是好的) 其去除冗余序列的大概思路就是: 首先对所有序列长度进行排序,从最长的开始,形成一个序列类,然后依次对序列进行处理,如果下一条序列和代表的序列相似性在cutoff,则将...
cd-hit软件 该软件可以对序列进行聚类,以此来达到缩减数据集的目的。软件基本原理是先对输出的fasta文件中所有序列进行排序,以最长的序列为代表序列,考查其他序列与该序列的相似程度,在阈值范围内的序列会归为一类。该软件最大的特点是运行速度快,比如使用90%相似度阈值对NCBI网站中nr数据库(2006.02)进行过滤,该数据...
hit/cd-hit-est-2d /usr/lib/cd-hit/cd-hit-para.pl /usr/lib/cd-hit/clstr2tree.pl /usr/lib/cd-hit/clstr2txt.pl /usr/lib/cd-hit/clstr2xml.pl /usr/lib/cd-hit/clstr_cut.pl /usr/lib/cd-hit/clstr_list.pl /usr/lib/cd-hit/clstr_list_sort.pl /usr/lib/cd-hit/clstr_...