1. 编辑 `~/.bashrc`(或 `~/.zshrc`)文件,将 CD-HIT 安装路径添加到 `PATH` 变量。 2. 使用 `source ~/.bashrc` 命令使改动生效。 3. 通过 `which cd-hit` 确认是否能正常访问 `cd-hit` 命令。 要将CD-HIT 的安装路径 /home/zxzhang/0_Tools/cdhit-4.8.1 写入到 Linux 环境变量中,使其...
CD-hit (http://weizhong-lab.ucsd.edu/cd-hit/)一种序列聚类软件,用于去除冗余序列,安装及使用方法如下: 1. 安装 #软件包下载(https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/): wget https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/refs/tags/V4.8.1.tar.gz #解压文件 tar xvf V4.8.1.tar.gz ...
psi-cd-hit.pl -i nr60 -o nr30 -c 0.3 # 在用psi-cd-hit完成30%的相似性聚类 cd-hit-2d的基本用法 1 cd-hit-2d -i db1 -i2 db2 -o db2novel -c 0.9 -n 5 -d 0 -M 16000 -T 8 cd-hit-2d 用于比较两个数据库中的相似性序列,默认识别在 db2 中的序列和 db1 中的序列相似性高于...
在实际应用的时候需要注意选择的word长度与threshold的匹配。 CD-HIT可以在GitHub下载,安装方法如下所示: 代码语言:javascript 复制 wget-c https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.8.1/cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz tar-zxvf cd-hit-v4.8.1-2019-0228.tar.gz cd cd-hit-v4.8.1-2...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用 1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases 下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-1208 2.进入到安装目录:如 qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$ 3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件 ...
1. 安装 Cd-hit下载网址为https://github.com/weizhongli/cdhit。 解压后直接输入命令:make,进行编译即可。 2. 运行 Cd-hit的输入文件仅有一个fasta文件,可将几个样品的基因或蛋白序列汇总进行聚类,如:cat a.fasta b.fasta c.fasta > all.fasta。注意各样品的序列名称不能重复。
1.下载与安装 网址:http://cd-hit.org;http://www.bioinformatics.org/cd-hit/;https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/V4.6.2.tar.gz; 这是一个在linux系统下使用的工作,我们可以给自己的电脑装一个双系统或者在windows下使用linux的虚拟机。然后我们可以执行下面的命令进行解压(注意我们要将路径先切换...
1. 下载与安装 Cd-hit下载网址为https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/V4.6.2.tar.gz,需要在linux系统下操作。解压压缩包后进入软件本体路径,直接输入命令:make,进行编译即可。 2. 输入文件 Cd-hit的输入文件仅有一个fasta格式文件 ,一般来说cd-hit是将几个样品的基因或蛋白序列进行聚类,所以需要将这...
(1)本文基于Debian 11,安装使用的是CD-HIT 4.8.1。 (2)CD-HIT的安装目录为/opt/cd-hit/4.8.1,需要提前建立。 (3)使用的测试数据是双端测序数据,合并要用到pandaseq,可以参考使用pandaseq合并双端测序实战这篇文章安装。 安装 安装依赖: apt-get install zlib1g-dev ...
若要安装CD-HIT，可以通过源码进行安装。首先，从GitHub下载源码包，然后解压到指定目录，即可完成安装。cd cd-hit-v4.6.8-2017-1208makecd cd-hit-auxtoolsmakeecho 'PATH=$PATH:~/software/ cd-hit' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc 方法二：使用编译好的二进制版本安装wget https://github.com/weizhongli...