1. 编辑 `~/.bashrc`(或 `~/.zshrc`)文件,将 CD-HIT 安装路径添加到 `PATH` 变量。 2. 使用 `source ~/.bashrc` 命令使改动生效。 3. 通过 `which cd-hit` 确认是否能正常访问 `cd-hit` 命令。 要将CD-HIT 的安装路径 /home/zxzhang/0_Tools/cdhit-4.8.1 写入到 Linux 环境变量中,使其...
(2)CD-HIT的安装目录为/opt/cd-hit/4.8.1,需要提前建立。 (3)使用的测试数据是双端测序数据,合并要用到pandaseq,可以参考使用pandaseq合并双端测序实战这篇文章安装。 安装 安装依赖: apt-get install zlib1g-dev 从GitHub上下载CD-HIT源码并编译安装: curl -OL https://github.com/weizhongli/cdhit/releas...
然后依次对序列进行处理,如果新的序列与已有的序列类的代表序列的相似性在cutoff以上,则把该序列加到该序列类中,否则形成新的序列类。 一般使用cd-hit对protein dataset去冗余时,设置一个较低的identity cut-off, 比如0.2-0.5(即相似性大于20-50%的序列都为一类) 参考:cd-hit介绍(包括优缺点)...
cd-hit 只能完成在40%以上的序列相似性的聚类,假设要将阈值设置为30%的相似性则需要两次聚类并使用psi-cd-hit.pl 脚本才能完成 1 2 cd-hit -i nr -o nr60 -c 0.6 -n 4 -d 0 -M 16000 -T 16 # 先将阈值设置为60% psi-cd-hit.pl -i nr60 -o nr30 -c 0.3 # 在用psi-cd-hit完成30%的...
Cd-hit在虚拟机的安装与使用1.下载网址:https://github/weizhongli/cdhit/releases下载版本:cd-hit-v4.6.8-2017-12082.进入到安装目录:如qiime@qiime-190-virtual-box:~/Desktop/Shared_Folder/cd-hit-v4.6.8-2017-1208$3.输入文件为fasta文件,输出文件为fasta/fna文件4.在虚拟机系统输入是以下格式:./cd-...
使用cd-hit对蛋白质或核酸序列进行聚类 转载自:https://huifangliu.github.io/2018/08/22/%E4%BD%BF%E7%94%A8cd-hit%E5%AF%B9%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E6%88%96%E6%A0%B8%E9%85%B8%E5%BA%8F%E5%88%97%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E8%81%9A%E7%B1%BB/...
HitFilm Express16.1 方法/步骤 1 我们将素材库中的名称为“箱子旋转视频”的素材按“N”键插入至时间轴轨道内，此视频长度是14秒24毫秒；2 接下来我们在“Editor窗口”左侧点击“Rate Stretch Tool”图标，或使用快捷键“S”，激活速率拉伸工具；3 激活工具后，我们拉伸视频长度，调整时长至25秒。此操作完成...
喷气式飞机驾驶员、宇航员和过山车设计师使用的一种通用装置叫做“g力”。一个重力是你站在地球上时所感受到的熟悉的重力拉力——这是地球对我们身体的引力。但当骑手加速和减速时,他们或多或少会感受到重力。 Modern ride designers know that the body can handle...
HitFilm Express16.1 方法/步骤 1 首先我们使用快捷键“Ctrl+Shift+N”打开“新建组合镜头”窗口，设置参数后点击“OK”完成创建；2 接下来，在创建的组合镜头内创建图层，这里笔者以“文字”类型图层为例；3 以上步骤完成之后，名为“New Text”的图层，已添加到“图层”列表内。我们可以在“View窗口”添加具体...
虽然低分子肝素的 HIT 发生率远低于肝素,但 HIT 患者不建议使用低分子肝素,可以选用的药物有比伐芦定、阿加曲班和磺达肝癸钠等。 9 如何逆转低分子肝素的抗凝作用? 鱼精蛋白对低分子肝素存在逆转作用,但与普通肝素相比,逆转效果差一些。这与鱼精蛋白主要中...