cd-hit可以从其官方网站或生物信息学软件仓库(如GitHub、Bioconda等)下载。安装过程通常涉及解压下载的文件并按照安装说明进行配置。由于安装步骤可能因操作系统而异,这里不具体展开。 4. 运行cd-hit软件,并设置适当的去冗余参数 运行cd-hit时,你需要指定输入文件、输出文件以及序列相似性的阈值(通常以百分比表示)。例...
通常去冗余采用的聚类算法根据序列相似度对序列进行聚类,需要进行 all by all 的比较,例如 orthoMCL,不过这种方法非常耗时。而 cd-hit 使用一种贪婪的增量聚类方法,首先对输入的序列根据序列的长短进行排序,并从最长到最短的顺序处理它们。将最长的序列自动的分为第一类并作为第一类的代表序列,然后将剩下的序列与在...
可扩展性好:CD-HIT支持多线程并行处理,可以运行在分布式计算机集群上,因此可以轻松地扩展到云计算平台上进行更大规模的分析。 精度高:CD-HIT使用了高度优化的蛋白质序列比对算法,并通过设置聚类阈值和去冗余策略来控制簇大小和精度。簇越小,则聚类越准确,但同时计算量也会增加。 支持多种文件格式:CD-HIT支持多种序...
CD-HIT早先是一个蛋白聚类的软件,其主要的特定就是快!(ps:不是所有快的都是好的) 其去除冗余序列的大概思路就是: 首先对所有序列长度进行排序,从最长的开始,形成一个序列类,然后依次对序列进行处理,如果下一条序列和代表的序列相似性在cutoff,则将其加入同一类,否则得到新的类。 所以快主要是两个方面的原因:...
很多情况下由于内存限制等原因无法将多个样本混合在一起拼接,这样每个样品单独拼接、预测获得的基因集在合并分析时可能会有很多冗余。要构建多个样品、多个项目的非冗余基因集,需要根据一定的相似度阈值对不同样品的基因序列进行聚类。常用的软件有CD-HIT、MMseqs、Linclust等。
CD-HIT的输出包含两个文件：首先是仅包含所有代表性序列（即去冗余后的序列）的fasta文件；其次是以.clstr为后缀的聚类信息文件。（1）output.fa输出文件运行CD-HIT后，将生成一个名为output.fa的输出文件。该文件仅包含经过去冗余处理后的代表性序列，以fasta格式呈现。（2）output.fa.clstr输出文件在CD-HIT的...
因为组装之后的contigs中是单个样本组装,难免会有不同样本直接有相似的情况,所以就要把所有组装之后的contig合并为一个之后再去去冗余 #获取压缩包 wget https://github.com/weizhongli/cdhit/archive/V4.6.2.tar.gz #解压压缩包 tar -zxvf V4.6.2.tar.gz #进入这个执行文件的目录 cd cdhit-4.6.2/ #编译 ...
二、cd-hit去冗余 官网:http://weizhongli-lab.org/cd-hit/ conda 地址:https://anaconda.org/bioconda/cd-hit 参数 M:内存,单位M,默认800 T:线程,默认1 c: identity 0.9 by default # 安装 conda install -c bioconda cd-hit cd-hit --help ...
去冗余:CD-HIT通常用于在进行后续分析之前减少序列数据集的冗余,比如基因预测或功能注释。 宏基因组学:在宏基因组学研究中,CD-HIT可以用来聚类相似的微生物序列,帮助识别不同的物种或菌株。 蛋白质家族识别:它被广泛用于根据序列相似性对蛋白质进行分组,这对于蛋白质家族分类或结构分析至关重要。 参考链接: 视频9-...
cd cd-hit-v4.8.1 make 使用: route="/your_route/Result/script/cd-hit-v4.6.7-2017-0501" $route/cd-hit \ -i 01_contig/all_contigs_gene.fna \ -o 02_geneset/gene_set \ -c 0.95 -aS 0.9 \ -n 5 \ -M 0 \ –d 0 \