Seurat主要是处理10x单细胞转录组数据,而10x仪器商业上的成功可以说是成就了Seurat包,另外一个比较火的多个样本单细胞转录组数据整合算法是mutual nearest neighbors (MNNs) 当然,其它工具也有很多,我想你应该是不会看的,我就列出来而已: MNNcorrect (doi.org/10.1038/nbt.409) CCA + anchors (Seurat v3) (doi....
Seurat主要是处理10x单细胞转录组数据,而10x仪器商业上的成功可以说是成就了Seurat包,另外一个比较火的多个样本单细胞转录组数据整合算法是mutual nearest neighbors (MNNs) 当然,其它工具也有很多,我想你应该是不会看的,我就列出来而已: MNNcorrect (https:///10.1038/nbt.4091) CCA + anchors (Seurat v3) (htt...
hi 各位,今天我们来深入了解一下Seurat做多样本整合的深入算法,CCA算法以及FindIntegrationAnchors函数中的的参数l2.norm 先来知道一下CCA 典型关联分析(Canonical Correlation Analysis,以下简称CCA)是最常用的挖掘数据关联关系的算法之一。比如我们拿到两组数据,第一组是人身高和体重的数据,第二组是对应的跑步能力和跳远...
当然了,CCA + anchors (Seurat v3)的介绍更值得期待,同样是号称可以整合不同的 individuals, experimental conditions, technologies, or even species.