如果该物种有建好的index(比如人的),可从官网上下载http://bowtie-bio./bowtie2/index.shtml。 如果没有,需要自己构建。 先下载准备好该物种的基因组的 fastq 文件。 此处使用 bowtie2 的 example 里的 lambda virus 的 genome 文件 lambda_virus.fa 输入如下命令可以建立索引 # Building a small indexbowti...
这条命令把bowtie2 生成的sam文件通过管道|传递到samtools,将sam转换为bam文件,省去中间sam文件的空间占用 genome_index 指的是用于bowtie2的索引文件(如下图),而不是参考基因组本身,构建过程参考后文。 genome_index 需要指定路径及其共用文件名,比如我的索引文件放在/data/ref/bowtie2/mm10目录下,但是需要输入...
1,先用bowtie2生成sam文件 $BT2_HOME/bowtie2 -x $BT2_HOME/example/index/lambda_virus -1 $BT2_HOME/example/reads/reads_1.fq -2 $BT2_HOME/example/reads/reads_2.fq -S eg2.sam -x 表示建立的索引的前缀名字 -1 -2 后面分别的是双末端测序的reads –S为输出的结果 2,samtools 将SAM文件...
Myrna(a cloud-enabled tool for aligningRNA-seqreads and measuring differentialgene expression)。 Bowtie1和2的区别:Bowtie 2'scommand-line arguments and genome index format are bothdifferent from Bowtie 1's. 1,bowtie1出现的早,所以对于测序长度在50bp以下的序列效果不错,而bowtie2在长度在50bp以上...
二、index构建 # 1.下载安装## conda安装conda install-y bowtie2## 手动安装cd~/software/bowtie2/#安装目录wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip# 2.建立bowtie2索引:cd~/software/re...
bowtie2-build [options]* <reference_in> <bt2_index_base> 「操作:」 bowtie2-build --threads 30 Sl.fa Bowtie2-index/Tomato-bowtie-index 「参数:」 -threads 运行线程数量 --large-index 使用较大的索引。一般情况下基因组大于4G的时候,考虑使用大索引。
下载 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 在Linux系统下将上述的链接下载到本地 sudo wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 解压 unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip ...
下载:http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 在Linux系统下将上述的链接下载到本地 sudo wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.3.4.1/bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip 解压 unzip bowtie2-2.3.4.1-linux-x86_64.zip ...
当你下载index文件时,确保是适用于Bowtie2的,如果是这个index是适用于先前Bowtie的版本,那么这个index是无效的。同时你也可以通过如下的Bowtie2-build的命令来自己建立索引,此外,你还可能使用FASTA格式的基因组索引文件(后面介绍的GTF格式的文件),这也可以在前面介绍的网站中得到。如果下面你要利用HTSeq进行定量,那么...
bowtie -x index-dir -1 /path/1_1.fq -2 /path/1_2.fq -S out.sam （1）结果:会直接...