我设置了1个模板：blastn -query query.fa -db database -out out.txt -outfmt 7 -max_hsps 1在...
GENOME TAXONOMY DATABASE(https://gtdb.ecogenomic.org/)是细菌和古菌基因组数据库。Fungene(http://fungene.cme.msu.edu/hmm_detail.spr?hmm_id=358)可以下载功能基因序列,目前因为硬件故障不能下载了,不知道什么时候才能好。还有很多其它的数据库,可以自行去了解。 表2|部分blast数据库。数据库有多个子文件的,...
After extraction, there is no need to concatenate the resulting files:Call the database with the base name, for nr database files, use "-db nr". 这些数据库是已经预先进行过makeblastdb命令的,下载后可以直接使用 For easy download, use the update_blastdb.pl script from the blast+ package. I...
第1️⃣:NCBI下载nt和nr库文件到本地 BLAST database 获取blast database的最好方法是NCBI下载。 通过运行$ update_blastdb.pl --decompress nr [*]程序,可以下载预先格式化的NCBI BLAST database。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ...
在该网站下载最新适合电脑系统的版本 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/ 安装点点点下一步 系统环境变量添加 ``` name: blastdb value: C:\Program Files\NCBI\blast-2.15.0+\doc ``` 运行 1. Windows + R 键入CMD确认 2. 设置运行目录(把数据库和比对文件以fasta格式提前拷到...
blastn -help ```目前，我们已经为您下载了全部所需数据，您可直接使用。【 使用示例和命令解释 】使用案例：将测序基因组与NCBI细菌基因组序列进行比对，您可以尝试以下命令：```bash blastn -query query.fna -db /ifs1/Database/blastdb/ref_prok_rep_genomes -out blast.out -outfmt ```解释：blastn ...
包含在blast+包中的组件update_blastdb.pl可用于简化从NCBI下载预格式化的BLAST数据库。该程序需要安装Perl,并且执行需要在“C:\users\tao\desktop\blastdb\”目录下,基本命令是: 1 perl update_blastdb.pl --passive base_database_name 其中“base_database_name”是目标数据库的名称,没有“##.tar.gz”后...
database_name:自定义库名字,如果不填写参数,则默认是文件名 其它详细参数可以通过DOS命令makeblastdb -help进行查看 生成的结果文件(可多次使用): 5.比对 DOS命令:blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx -query text_query.txt -db refseq_rna.00 -out output.txt -evalue 10 -outfmt 0-18 ...
打开命令提示符，输入命令进入数据库目录。将下载的FASTA文件复制至数据库目录。使用命令构建数据库，如 -dbtype nucl, -parse_seqids, -in xx.fa, -out xx。核酸序列比对安装软件、构建数据库后，进行核酸序列比对：查询序列拷贝至BLAST目录。执行比对命令，如 blastn -query query.fa -db database ...
示例结果:下图显示了一段Blastn结果。可以看到基本信息包括自定义Job Title(引用FASTA命名),Program version,Database,Molecule Type,Query Length等。并且可以选择下载不同格式。 在Descriptions栏目,可以看到和我们搜索序列匹配最好的序列,可以看到数据库中的序列名...