nohup blastp -db /mnt/nas1/wanghw/database/nr/nr -query /mnt/nas1/wanghw/software/blast2go/b2g4pipe/test.60.fa -out /mnt/nas1/wanghw/software/blast2go/b2g4pipe/test.60.2.31.xml -num_threads 2 -outfmt 5 & 其中使用java -cp :ext/: es.blast2go.prog.B2GAnnotPipe和java -jar ...
blast+:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个...
在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松下载数据库。在命令行中，可以看到如16S_ribosomal_RNA等众多可供选择的数据库，下载nt库的命令也非常简单，支持后台下载和断点续传。然而，由于nt库的文件大小超过80GB，网速不佳时，推荐使用Aspera软件进行高速下载，具体安装方法已在之前的文...
blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。
如何采用比对数据库Blast来寻找和对齐DNA或蛋白质序列进而构建遗传发育树图 12:40 想去大厂做数据分析?捷径来了! bilibili课堂 从贾玲成功减肥来看,DNA甲基化是如何进行表观遗传的? IVDSHOW 1802 1 如何使用Blast比对搜索工具和GENEWIZ数据库来分析基因序列 IVDSHOW 408 0 通过MeRIP测序得到了m6a甲基化峰的位置...
-db <String> 数据库名字 -out <File_Out> 输出文件 -evalue <Real> evalue阈值 -outfmt <String> 输出的格式 blast构建索引 |makeblastdb 1 makeblastdb -inmature.fa -input_type fasta -dbtype nucl -title miRBase -parse_seqids -out miRBase -logfile File_Name ...
假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：核酸序列：$ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F蛋白序列：$ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F执行blast:获得了单机版的Blast程序，解压开以后，如果有了相应的数据库（db），...
c、创建nr/nt数据库目录 [root@PC1 test02]#mkdir nr_db nt_db d、构建nr/nt数据库 [root@PC1 test02]#makeblastdb -innr -dbtype prot -title my_nr -parse_seqids -out./nr_db/nr -logfile make_nr.log[root@PC1 test02]#makeblastdb-innt -dbtype nucl -title my_nt -parse_seqids -...
构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 2017-02-21 18:38 −... Life·Intelligence 0 44954 PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 −生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对。
Blast2GO数据库创建找到失效教程后，作者分享了独特的数据库创建链接和提取码，用于构建Blast2GO数据库。使用方法搭建完成后，Blast2GO可直接运行在指定目录下。软件设置后，通过特定的java命令行工具进行GO注释，参数解释详尽。性能优化遇到并发任务时，需调整max_connections和max_user_connections以解决连接数...