biocLite() 上面第二个语句将安装Bioconductor一些基础软件包,包括BiocInstaller软件包,这是必需的。 2 软件包安装 使用biocLite函数,如: biocLite("affy") 3 升级 biocLite函数可以升级已安装的软件包。但是Bioconductor有版本控制,如果要使用最新软件包,需先升级安装工具。安装工具的升级让人摸不着头脑,经常出错,关键的...
在云计算领域,Bioconductor是一个专注于生物学领域的R语言软件包仓库和开发平台。与常规的CRAN(Comprehensive R Archive Network)不同,Bioconductor专注于生物信息学和基因组学领域的软件包。 要从Bioconductor而不是CRAN安装软件包,您需要按照以下步骤进行操作: ...
安装Bioconductor 使用以下代码安装Bioconductor,直接粘贴到R的控制台即可。 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite() 这两行代码会安装核心的Bioconductor包。如果要再安装其它的包,则要使用biocLite()函数,并且使用字符串参数指定包的名称,例如我们安装以下的两个包: biocLite(c("genefilter","geneplo...
安装httr BiocManager::install("httr",force=TRUE) library(httr)安装pingr BiocManager::install("ping...
R包:基本包(自动加载)和推荐包(安装R时也会下载,但需要手动加载),拓展包(其他包,手动加载)。 安装好的包将被放在一个指定的目录下。这个目录被称为库(Library)。当需要使用到某一个包的时候,通过运行library()函数来加载软件包,其过程就是到库中去寻找需要加载的软件包,并将其命名空间加载至当前运行环境下。
前两天看Y叔的公众号,提到了关于Bioconductor包安装方式更新的事儿。 恰逢我这两天想试试新的RNA-seq 分析流程(Hisat2+stringtie+ballgown),看看能不能提高效率,当然事实证明这个流程还蛮好用的,安装ballgown的时候留了一下意: Bioconductor在R3.5版本以后,终于放弃了source() 这种危险的链接方式,改为用新的安装方...
R >options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") >options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) >install.packages("BiocManager") 之后可以随意安装了R包了,依赖问题解决 #library('BiocManager') library('BiocManager', quietly = TRUE) ...
在BioC的官方网站上http:///,存放着Bioc包的安装脚本,biocLite.R,每次需要安装BioC的包之前,我们运行该脚本。source是运行代码脚本的命令,可以是本地文件,可以是网络上的文件。需要你有流畅的网络链接 source(“http:///biocLite.R”) biocLite() biocLite()是安装函数,相当于R中的常用的install.package命令,如果...
老师，我安装Vennerable时又报错了 Warning messages: 1: packages ‘RBGL’, ‘graph’ are not ...
由于Bioconductor 包的更新与R并不同步，因此，请务必使用Bioconductor 的更新方式进行更新，以免程序出错。曾经： Bioconductor包的安装方法是这样：自上个版本后，Bioconductor 改进了安装方式，使用BiocManager包进行安装。再也不用记Bioconductor 的网址了。。。每次更新R版本后，记得运行 检测Bioconductor 包的...