使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用reformat.shin=A1.2.fastqsamplerate=0.9out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fastq 另...
然后我们将使用它作为宏基因组生成的输入,然后使用reformat.sh将读取分成两个文件。 randomreads.sh ref=metag.fa out=stdoutlength=300paired=t mininsert=100maxinsert=400reads=5000000metagenome=t coverage=3|reformat.sh in=stdinout1=metag_R1.fq.gz out2=metag_R2.fq.gz interleaved addslash 重新格式化...
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fas...
生信小工具专题:BBToolsBBMapSuite 的使用(2) 接着上一次内容 继续 介绍, BBTools 、 BBMap 中的一些实用的小工具。 BBMap Read Merger 合并双末端(PE)reads,在预期中这些 reads 有重叠的位置(例 如 16S 扩增子测序)。 通过重叠检测将配对的 reads 合并为单个 read。如果具有足够的 覆盖率,还可以通过 kmer 扩...
BBMap suite - Simulation of data (数据模拟) 除了之前介绍的工具,BBMap还可以用来, 从参考基因组产生随机合reads。reads的名称表示其基因组来源。并可以允许准确定的insert size和合成突变的类型,大小和速率等具体内容。 Illumina和PacBio类型的reads都可以使用randomreads这个小工具来生成。
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.shin=A1.2.fastq samplerate=0.9out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fastq ...
使用BBMap工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子：首先，人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。这样子，就会产生一组不对称的双末端fastq file，一个是A1.1.fastq 另一个是A1.2.bad.fastq 接下来我们准备用 repair.sh 来修复'损坏的'reads配对并重新...
The BBTools suite includes programs such as: • bbduk – filters or trims reads for adapters and contaminants using k -mers • bbmap – short-read aligner for DNA and RNA-seq data • bbmerge – merges overlapping or nonoverlapping pairs into a...
BBTools是开源的,可以无限制免费使用,不用钱当然好! BBTools无需安装。从BBTools SF站点下载tar存档后,您需要做的就是解压,很动心是不是? 一、安装 方法一: conda install -y bbmap 方法二: ##下载 wget https://excellmedia.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_38.16.tar.gz ...
conda install -y bbmap 当然如果你不会使用conda,也没问题,直接去到bbmap的网站下载解压就好 ##下载wget https://excellmedia.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_38.16.tar.gz##解压tar-xvfzBBMap_38.16.tar.gz 注意:BBMap(和所有相关工具)shellcripts将尝试自动检测内存,但可能会失败(导致jvm无法启动或内...