pileup (pileup.sh) 用于计算scaffold的覆盖率,需要没有sort过的bam 或者 sam 的格式的文件作为input。 pileup.shin=test.samout=test.out#屏幕输出 一些基本的比对信息,还有比对使用的ref的信息Reads:66234Mappedreads:57247Mappedbases:8587050Refscaffolds:9Refbases:41030279Percentmapped:86.431Percentproper pairs:0...
Usage for interleaved files (交错的文件): bbmerge.sh in=<reads>out=<mergedreads>outu=<unmergedreads>Usage for paired files (有双末端的文件): bbmerge.sh in1=<read1>in2=<read2>out=<mergedreads>outu1=<unmerged1>outu2=<unmerged2> BBMap bbsplit 如何使用多个reference对我的样本中的reads进行...
使用BBMap工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子：首先，人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。这样子，就会产生一组不对称的双末端fastq file，一个是A1.1.fastq 另一个是A1.2.bad.fastq 接下来我们准备用 repair.sh 来修复'损坏的'reads配对并重新...
然后我们将使用它作为宏基因组生成的输入,然后使用reformat.sh将读取分成两个文件。 randomreads.shref=metag.faout=stdout length=300paired=t mininsert=100maxinsert=400reads=5000000metagenome=t coverage=3| reformat.shin=stdin out1=metag_R1.fq.gz out2=metag_R2.fq.gz interleaved addslash 重新格式化...
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.shin=A1.2.fastq samplerate=0.9out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fastq ...
1)建立索引:bbmap.sh ref = contigs.fa 2)构建索引信息到当前目录:bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam 3)同时构建map和index:bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam ref = ref.fa 4)在内存构建索引:bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam ref = ref.fa nodisk ...
二、使用 BBTools程序接受经过gzip压缩的fastq文件,并能够以多种数据格式写入输出。同时支持以fq 或者 fastq结尾的测序文件。 2.1 统计序列 stats (stats.sh) 用于统计reads或者assembly基本的信息,例如 scaffold count, N50, L50, GC content, gap percent。
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fas...
使用 BBMap 工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE 文 件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的 fastq 双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fast q 这样子,就会产生一组不对称的双末端 fastq file...
https://jgi.doe.gov/data-and-tools/software-tools/bbtools/bb-tools-user-guide/installation-guide/ 下载的BBMap_39.01.tar.gz放到软件目录下,执行解压命令 tar -xvzf BBMap_*.tar.gz ... cd bbmap 测试命令 (base)[user]$./stats.shin=./resources/phix174_ill.ref.fa.gzACGTNIUPACOtherGCGC_stdev0.2...