# 检查是否存在bam index, 存在返回True, 否则为Falsebam_file.check_index()# 与samtools联用, 不存在index则samtools index生成ifnotbam_file.check_index():os.system("samtools index {}".format(bam_path)) 6. 使用pysam对bam进行排序 bam_out_path="/path/sample.sorted.bam"# 对bam进行sort排序pysam...
VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件; FastaFile:读取fasta序列文件; FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个。 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.AlignmentFile("in.bam","rb"); 其中r = read, b:binary. 二进制文件。 bam文件index 1. 2....
# 一般拿到对齐后的bam文件先安装染色体顺序排序 samtools sort -@16 HG002.fiberseq.sequelII.bam -o results/HG002.fiberseq.sequelII.sort.bam # 对排序好的bam文件,可以通过以下命令进行index(注意只能对排序过的文件进行index) samtools index -@ 8 results/HG002.fiberseq.sequelII.sort.bam # 查看染色体...
#接着,对bam文件建立index bam_list=$(cat ./bam_list.txt)forfilePathin$bam_listdoecho"$filePath"nohup $samtools index-b"$filePath"&done wait #等待对所有bam文件构建完索引后再执行后续命令 #最后,绘制geneBody_coverage曲线 $geneBody_coverage-r $bedFile -i ./bam_list.txt -o ./L09_L16_l2...
在菜单栏中选择"File" "Load from File…"可以导入本地文件,这里选择index后的*.bam文件。 请注意:*.bam所在文件夹下最好有对应的*.bai文件。如果同路径下没有*.bai文件,直接导入bam文件,会弹出一个窗口要求设置bai文件的所在路径,如下图: 如果选择的路径下仍没有*.bai文件,会弹出报错信息,Index file not...
TabixFile:读取由tabix索引的文件; FastaFile:读取fasta序列文件; FastqFile:读取fastq测序序列文件; 等以上几个,其中尤以AlignmentFile和VariantFile为核心。需要我们注意到的地方是,Pysam中的有些函数由于历史原因存在重复,比如名字上只有大小写的差异,但功能却是一样的(比如下图的TabixFile),有些则只是简化了函数名...
--bx-list=L Only include BX values listed in text file L. Requires BX-sorted and index BAM file (see Long Ranger support for details). --traceback Print full traceback if an error occurs. -h --help Show this screen. 接下来运行bamtofastq,需要注意的是 --cr11 参数哦,其实bam文件里面...
一般来说除了查看文件,我们很少用到sam文件,大多数程序设计出来都是直接读取二进制的bam文件而不是sam文件字符串,例如samtools的子命令sort,index,depth,mpilup等为了效率都要求bam文件作为输入。这一章节的内容主要涉及使用samtools工具对bam文件进行操作。
(Longranger1.0-1.3)--lr20 Convert aBAMproduced by Longranger2.0--cr11 Convert aBAMproduced by Cell Ranger1.0-1.1--bx-list=LOnly includeBXvalues listedintext fileL.RequiresBX-sorted and indexBAMfile(see Long Ranger supportfordetails).--traceback Print full tracebackifan error occurs.-h--...
(often with a bam index file, to be discussed later in this post). the remainder of this piece will refer to just the bam file for simplicity, although the data are identical between sam and bam files. the two initial steps taken after the generation of a bam file are to sort and ...