之所以能正常运行,是因为安装autodock时,安装包里自动安装了python2.7;安装PYMOL时,安装包里自动安装了python3.7。目前经测试,两者是可以兼容的。所以大家可放心对接。 安装好PYMOL后发现PYMOL文件夹里含有python3.7 Autodock Vina的安装和对接步骤可参考 https://www.yuque.com/dviy1p/zfgvwt/sxgwivl5vp7cp2ap?
#! /usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- # # My first example with AutoDock Vina in python # from vina import Vina # 导入Vina包 v = Vina(sf_name='vina') # 指定进行分子对接的力场:Vina ; 如果你想使用AutoDock4或Vinardo力场,请将vina换成ad4或vinardo v.set_receptor('1iep...
本教程以Autodock Vina 1.2.2安装包中自带的例子“FDA认证的抗癌药物imatinib与c-Abl 蛋白进行对接(PDB ID: 1IEP)”作为介绍对象(具体路径:/your/pathway/AutoDock-Vina-1.2.2/example/basic_docking/solution)。为了使本教程更具有普适性,我们将从蛋白质的准备、配体的准备、对接盒子的设置、运行Vina(三种力场)...
第一种使用方式为图形界面,vina (点鼠标) 第二种使用方式为命令行使用,即vina (命令行) 第三种为python版本,即 vina (python) Vina 意思 安装vina 确定vina的路径 将Vina路径写入系统路径 准备蛋白和小分子结构文件 开始对接 对接精度控制 Vina (命令行) vs Vina (python) 要不给点个赞吧, BML Codelab基于...
由于ADFR使用的是Python2.7版本, 我们这里可以使用Meeko来代替 pip install meeko 1. 使用(注意版本, 不同版本参数不一样) mk_prepare_ligand.py -i 1iep_ligand.sdf -o 1iep_ligand.pdbqt --add_hydrogen --pH 7.4 1. 其他对接软件 QuickVina2 ...
1、AutoDock软件下载及安装：2、MGLTools下载及安装：3、Python2.5安装（必须为2.5版本）环境配置 1...
首先创建conda的vina虚环境: conda create-n vina 然后打开vina虚环境: conda activate vina 无论什么时候都要注意conda虚环境!在使用conda安装一款软件之前一定要先创建并打开它的虚环境,然后才能开始安装!不然极有可能翻车!!!(笔者血泪)python解释器指向一旦出错,很多东西都难以运行,更改解释器指向又很麻烦,所以特别强...
分子对接方法主要分为以下三类:1)刚性对接;2)半柔性对接;3)柔性对接,具体大家可自行百度检索相关概念。目前分子对接常用软件主要包括AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock及UCSF DOCK等,小编在后面的文章中主要结合前两款软件给大家进行讲解分子对接的整个操作流程。
1.登录清华源镜像站下载anaconda(用于管理不同的python版本) anaconda安装包下载拉到下方,下载Anaconda3-2023.03-Linux-x86_64.sh版本,千万不要下错版本 下载后在File --> Downloads 文件夹里可以找到 2.创建software文件夹管理后续软件 在home页面点击右键 打开终端 ...
AutoDock Vina教程 | 使用Python 脚本进行分子对接 教程材料 蛋白文件:1iep_receptor.pdbqt配体文件:1iep_ligand.pdbqt脚本文件:first_example.py实例 下面是一个非常简单的 AutoDock Vina 脚本… 阅读全文 赞同 4 9 条评论 分享 收藏 ...