在SRA上传数据,较大的文件,直接http上传容易断点,一般会使用Aspera connect进行上传。以windows 为例 1. 下载并安装Aspera connect 2. 添加环境变量。 3. 根据提示,下载key file Aspera command line upload instructions 4. win+R 调出控制台 cd Aspera Connect\bin #去到ascp所在目录 ascp -i <keyfile目录> ...
ascp -i 第二步下载的key文件(注意带上文件的目录) -QT -l100m(上传最大速度,这里设置的为100M,如果觉得太快或太慢,可适当调整) -k1 -d 数据存放的目录(目录一“”结尾) subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/lily@outlook.com_jZdRWIub(邮箱_生成的随机码) 注意:第二步中Aspera Command-Line upl...
Aspera command line upload 数据,最只要的支持续传,如果数据量比较大的话建议用命令行的方法上传,不然,网页上传一旦断开,又得重新上传; 当有大量的数据需要上传NCBI的SRA数据库时,网页上传很费劲,而且支持的文件数量有限;一旦链接断开就得重新来: 这里介绍用linux中aspera的命令行来执行上传数据,会更稳定: linux当中...
使用Aspera命令行上传数据 您可以使用以下命令通过Aspera命令行上传文件: > [path/to/ascp/] 是ascp的执行程序。不同的操作系统,其所在的路径不同,例如: > [path/to/key/file] 必须为密钥文件的绝对路径。例如:/home/keys/aspera.openssh。在数据提交流程中,您可以点击获取密钥文件,下载您上传数据所需要的密钥...
//ftp.cngb.org". The rest of the path is the file path to be downloaded that needs to be filled in the command line. For example: if you want to download the files under this directory (https://ftp.cngb.org/pub/CNSA/data1/CNP0000007/CNS0000004/CNX0000010/CNR0048164/) on FTP, ...
--mode 传输模式,上传为 send,下载为 recv 参考文献 [1]https://blog.csdn.net/weshengxin/article/details/110118398 [2]https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list [3]https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line#usage ...
//ftp.cngb.org". The rest of the path is the file path to be downloaded that needs to be filled in the command line. For example: if you want to download the files under this directory (https://ftp.cngb.org/pub/CNSA/data1/CNP0000007/CNS0000004/CNX0000010/CNR0048164/) on FTP, ...
...listAspera使用说明 1:https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line#usageAspera 3K10 国内高速下载测序SRA数据 软件AsperaHigh-performace transfer brower plugin,IBM旗下的高速下载插件。...# 下载wget wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.9/ibm-aspera...
我们通常用wget或curl下载文件,然而由于NCBI和EBI网站都在国外,有时候下载速度非常慢,如果文件特别大,就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了,这时可用aspera进行高速下载。 安装Aspera 首先进入aspera官方网站,找到「IBM Aspera Connect」,进入下载页面,找到对应的版本与平台,这里以Linux平台最新的3.10.0版本为例进行介绍...
数据分析本来就不容易,SRA数据库自带的prefetch基本上是形如虚设,下载速度比乌龟快一点点,所以不得不求助IBM的aspera加速器。这也是我们每次授课都会介绍的各种国内科研数据处理专用小技巧 首先下载软件 老规矩,conda解决一切依赖 代码语言:javascript 复制 conda install-y-c hcc aspera-cli ...